5 Mejores Programas Gratuitos De Edición Pdb Para Windows

He aquí una lista de los mejores programas gratuitos de edición PDB para Windows. Básicamente, se trata de programas de modelado molecular que permiten editar archivos Protein Data Bank ( PDB ) que contienen estructuras moleculares en 3D. Puede añadir/eliminar directamente átomos de hidrógeno, insertar varios elementos químicos de la tabla periódica, definir enlaces, añadir nanoestructuras, transformar la estructura molecular, etc. Este software también proporciona una base de datos incorporada desde la que puede insertar directamente varias moléculas, ADN, aminoácidos, diferentes grupos funcionales, etc. En definitiva, estos programas le ofrecen todas las herramientas esenciales para editar fácilmente archivos PDB.

Aparte de PDB, también puede utilizar el software mencionado para editar archivos moleculares como XYZ, MOL, MOL2, etc. Estos programas también proporcionan un gran entorno de visualización de moléculas para ver estructuras moleculares en 3D. Dispone de prácticas funciones de giro, panorámica, zoom, estilo de dibujo, rotación automática, etc., que le ayudarán a visualizar correctamente un archivo PDB o cualquier otro archivo químico compatible.

En muchos de estos editores de archivos PDB, dispone de funciones de análisis y cálculo para estimar varios parámetros relacionados con la estructura de una molécula. Estos parámetros incluyen geometría optimizada, energía, longitud de enlace, momento dipolar, momento cuadrupolar, etc. En general, se trata de un software muy completo que también puede utilizarse para editar archivos PDB.

Mi software gratuito favorito para editar archivos PDB en Windows:

Avogadro es mi software favorito, ya que ofrece todas las funciones necesarias para editar archivos PDB sin mucha complicación. En él, puedes encontrar un conjunto adicional de herramientas que te ayudan en el modelado y análisis molecular.

IQmol es otro de mis favoritos, ya que viene con una interfaz gráfica de usuario limpia y fácil de usar. También me gustan sus funciones, que permiten visualizar los modelos moleculares correctamente

También te pueden gustar algunos de los mejores programas gratuitos PDB Viewer Software , Molecular Modeling Software , y PDB to PDF Converter Software para Windows.

Avogadro

Avogadro es un software gratuito de código abierto editor de PDB para Windows. Básicamente, es un software de modelado molecular en 3D que se utiliza para ver, crear y editar estructuras moleculares. Además de PDB, soporta diferentes formatos de archivos moleculares como CML, XYZ, MOL, MOL2, ENT, GAMOUT, etc. Veamos cuáles son las características que ofrece.

Principales características de este editor PDB gratuito:

  • Proporciona un Editor cartesiano para realizar cambios en la longitud de enlace manualmente.
  • Puede añadir hidrógenos o eliminar hidrógenos de la estructura molecular. También ofrece la opción de añadir hidrógenos ácidos a grupos ionizables.
  • Dispone de una opción " Cambiar H a metilo " para convertir el hidrógeno presente en la estructura en un grupo metilo.
  • Dispone de una útil función Insert para insertar directamente ácidos nucleicos (ADN/ARN), fragmentos de la base de datos de fragmentos moleculares (alcoholes, alcanos, aminoácidos, carbohidratos, etc.), fragmentos SMILES (sistema simplificado de entrada de datos moleculares) y péptidos.
  • Además, también ofrece funciones como Super Cell Builder y Nanotube Builder .
  • También puede invertir las propiedades geométricas iniciales a la configuración R/S opuesta utilizando el botón dedicado.

Características adicionales:

  • Contiene un menú Crystallography que le permite añadir/eliminar celdas unitarias, trasladar átomos, construir losa de superficie, envolver átomos a la celda, importar cristal desde el portapapeles, etc.
  • Dispone de Mecánica Molecular que le permite configurar el campo de fuerza, calcular la energía, buscar conformadores, aplicar restricciones, etc.
  • Optimizar Geometría, GLSL Shaders, Gráficos Moleculares, etc.,
  • También es un buen software de visualización molecular, ya que proporciona herramientas útiles como la auto-rotación, auto-optimización, modo de pantalla completa, zoom in/out, etc.

Conclusión:

Avogadro es uno de los mejores editores PDB gratuitos, ya que ofrece un conjunto avanzado de herramientas de construcción, visualización y análisis molecular.

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IQmol

IQmol es otro editor PDB gratuito de código abierto para Windows. Con él podrá editar archivos PDB y otros archivos moleculares como MOL, CUBE, XYZ y FCHK. Dispone de un menú dedicado Build en el que encontrará todas las herramientas necesarias para crear o editar un modelo molecular.

Principales características de este editor PDB gratuito:

  • Puede añadir moléculas al archivo PDB utilizando identificadores SMILES o InChI.
  • Proporciona una tabla periódica incorporada para añadir los elementos deseados a la estructura molecular.
  • Le permite añadir grupos funcionales, EFP o diferentes moléculas al modelo utilizando la base de datos proporcionada.
  • También puede encontrar opciones útiles como Rellenar valencias con hidrógenos, Repercibir enlaces, Establecer isótopos, Minimizar estructura, Traducir al centro, Simetrizar estructura, Detectar simetría automáticamente, Seleccionar campo de fuerza (Químico, Gaff, UFF, etc.), y más que le ayudan a editar el archivo PDB.

Características adicionales:

  • También puede calcular energía, fuerzas, geometría, desplazamientos químicos, frecuencias, etc., utilizando su función Q-Chem Calculation.
  • Ofrece funciones como Record Animation, Save Snapshots of Animation, Generate PovRay Input, etc.,
  • Además del modelado y edición molecular, es un muy buen visor de moléculas con herramientas como rotar, zoom, pantalla completa, ajustes de cámara, apariencia, etc.

Conclusión:

Es uno de mis editores PDB favoritos ya que viene con todas las herramientas esenciales de modelado molecular en una GUI limpia e intuitiva.

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ArgusLab

ArgusLab es un software editor de PDB para Windows sin complicaciones. En él, puede importar fácilmente un archivo PDB y luego editarlo según sus necesidades. Es principalmente un software de modelado molecular con el que puede crear un modelo molecular desde cero. También puede abrir y visualizar varios archivos moleculares en 3D, como XYZ, MOL, MOL2, etc.

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Principales funciones de edición de PDB:

  • Puede añadir directamente átomos de varios elementos utilizando su tabla periódica incorporada.
  • Le permite añadir, eliminar u ocultar átomos de hidrógeno.
  • Puede crear ligandos, sitios de unión u otros grupos funcionales.
  • También dispone de una función "Add Fragment Mode" para añadir directamente estructuras de anillos y aminoácidos como Ciclopropano, Ciclobutano, Ciclopentano, Ciclohexano-Chair, Ciclohexano-Boat, Antraceno, Pirimidina, Pirrol, Indol, L-alanina, L-arginina, Glicina, L-serina, L-triptófano, L-isoleucina, L-histidina, L-prolina, etc.
  • También ofrece una opción dedicada de Auto Bonds.
  • Las herramientas de selección estándar como seleccionar vecinos, invertir selección, etc.,
  • Clean Geometry , Clean Hydrogens , y Clean Hybridization pueden utilizarse para la optimización del modelo molecular.
  • En su panel izquierdo dispone de un práctico explorador de objetos desde el que puede editar diferentes aspectos (átomos, grupo, etc.) de un PDB.
    un archivo PDB.

Características adicionales:

  • Puede realizar una gran cantidad de cálculos relacionados con un archivo PDB u otro modelo molecular, como la energía, optimizar la geometría, Gaussian, etc.
  • También es bueno en la visualización de moléculas para ver los archivos químicos compatibles. Algunas de las herramientas de visualización que ofrece incluyen rotación, zoom, giro, estilo de dibujo, etc.

Conclusión:

Se trata de otro editor de archivos PDB agradable y sin complicaciones con el que también se pueden calcular diferentes parámetros de un modelo molecular.

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Ascalaph Designer

Ascalaph Designer es un software editor PDB portátil para Windows. Se trata de un software de modelado molecular que puede utilizarse para crear nuevas estructuras moleculares o editar las existentes. Para la edición, es compatible con otros formatos además de PDB, como MMOL, MOL2, ENT y XYZ. Además de construir modelos moleculares, también se puede utilizar para la visualización y el análisis de moléculas.

Características principales:

Para editar archivos PDB, puede utilizar su menú Build que contiene las siguientes opciones:

  • Puede construir una cadena de diferentes moléculas incluyendo aminoácidos, ADN, pentamidina, etc.
  • Le permite construir cristales especificando varios parámetros relacionados como sistema cristalino, parámetros de red, copias de celdas, etc.
  • También puede dibujar moléculas usando el ratón desde la tabla periódica. Utilice "Ctrl+Shift+ratón" para dibujar elementos en el modelo.
  • También obtiene estructuras de nanocarbono para añadir al modelo molecular.
  • Algunas herramientas prácticas como "unir dos moléculas utilizando hidrógenos seleccionados", detectar enlace, detectar moléculas, emparejar átomo, eliminar choques, etc.,

Características adicionales:

  • Este software proporciona herramientas de análisis para examinar diferentes aspectos de un modelo molecular, como RDF, momento dipolar, momento cuadrupolar, geometría, energía, energía intermolecular, presión, temperatura, etc.
  • También dispone de una función Compute que proporciona varias opciones de cálculo, como Dinámica, Monte-Carlo, Intercambio de réplicas, Optimizar, etc.

Conclusión:

Es otro buen software con el que puede construir nuevas estructuras moleculares o editar modelos contenidos en un archivo PDB o cualquier otro archivo compatible.

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MoluCAD

MoluCAD es un software editor de PDB fácil de usar para Windows. En él, también puede editar archivos MOL y XYZ. Sólo tiene que abrir un archivo PDB utilizando su función Archivo > Importar y, a continuación, modificar la estructura utilizando las herramientas de modelado disponibles. Además, también puede visualizar los archivos moleculares compatibles.

Principales funciones de edición de PDB:

  • Puede añadir átomos de la tabla periódica y conectarlos según sea necesario. También le permite insertar átomos manualmente introduciendo las coordenadas.
  • Proporciona una función para añadir una estructura de anillo al modelo.
  • También contiene una base de datos de varias moléculas, elementos, grupos funcionales, etc., que puede añadir directamente al modelo PDB actual.
  • En su menú Editar, puede encontrar funciones útiles como Arrastrar/Girar, Mover, Dividir enlace, Propiedades de átomo, Propiedades de enlace, etc.

Características adicionales:

  • Proporciona un conjunto útil de opciones de visualización de moléculas, como el modo de arrastre, el modo gráfico, el giro continuo, el zoom, la panorámica, etc.
  • También puede calcular la distancia entre átomos, la longitud de enlace, el ángulo de flexión, el ángulo de torsión, encontrar anillos, el centro de masa, la masa total de un clúster, etc.
  • Contiene una función de "Energía" que le permite evaluar la energía, minimizar la energía, mostrar los índices de átomos, mostrar el tipo MM3, etc.
  • Además de PDB, puede exportar un modelo molecular en formatos de hoja de cálculo MS Excel, formatos gráficos, MOL, XYZ, etc.

Conclusión:

Es un software gratuito más que puede utilizar para editar archivos PDB y para construir nuevos modelos moleculares.

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