13 Mejores Visores Pdb Gratuitos para PC

He aquí una lista de los mejores programas gratuitos de visualización PDB para Windows . Los archivos PDB o Protein Data Bank contienen datos textuales sobre estructuras tridimensionales de grandes moléculas biológicas. También contienen información sobre estructuras atómicas, coordenadas atómicas, estructura de proteínas, estructura de ácidos nucleicos, etc. Para ver la estructura tridimensional utilizando los datos textuales de un archivo PDB, necesita un software visor de PDB. Estos programas generan y muestran rápidamente la estructura molecular 3D utilizando un archivo PDB, que también puede analizar. Para visualizar correctamente una estructura molecular 3D, estos programas ofrecen algunas herramientas de visualización útiles como zoom, orientación, vista wireframe, vista ortográfica, etc. Aparte de los archivos PDB, también puede abrir otros archivos que contengan datos moleculares a través de estos programas, como ALC, BIO, CAR, MOL, HIN, etc.

En algunos programas, puede abrir archivos que contengan datos moleculares.

En algunos softwares, también puede encontrar útiles herramientas de edición y mejora de modelos a través de las cuales puede añadir nuevos nodos, rediseñar la estructura de la proteína, cambiar los colores de los módulos de estructura, etc. Además de esto, las herramientas de análisis estructural como calcular la energía, calcular el enlace H, analizar el dominio, etc., también están presentes en estos visores PDB gratuitos. Renderizado es otra característica que está presente en algunos visores PDB que le permite renderizar la estructura molecular de acuerdo con los parámetros definidos por el usuario. Después de renderizar un modelo, puede guardarlo en PNG, BMP y otros formatos de imagen. Los datos textuales de un modelo también pueden guardarse en formatos como PDB, ENT, BIO, etc. En general, todos estos visores ofrecen todas las herramientas necesarias para visualizar archivos PDB, además de algunas herramientas adicionales que puede utilizar fácilmente. Consulte la lista para saber más sobre estos programas.

Mi visor de archivos PDB favorito para Windows:

IQmol es mi visor de archivos PDB favorito, ya que ofrece todas las herramientas esenciales de visualización de estructuras moleculares en 3D. Además, ofrece un montón de herramientas de construcción que se pueden utilizar para crear nuevos archivos PDB o para editar la estructura molecular existente.

Molekel es otro práctico software de visualización PDB que también ofrece herramientas esenciales de visualización, análisis y construcción.

También puede consultar las listas de los mejores programas gratuitos Molecule Viewer , Molecular Modeling , y Molecular Mass Calculator para Windows.

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IQmol

IQmol es un software visor de PDB gratuito y de código abierto para Windows, Linux y MacOS. Con este software, puede visualizar la estructura molecular de un archivo PDB, editar la estructura molecular, construir una nueva estructura molecular y realizar cálculos moleculares.

La visualización de una estructura molecular es bastante fácil en él, ya que muestra inmediatamente la estructura molecular en su interfaz tan pronto como se carga un archivo PDB en él. Además, te permite ver el modelo desde todas las direcciones con la ayuda del ratón y te permite hacer zoom en la estructura utilizando la rueda del ratón. En él, también puede visualizar la estructura molecular presente en otros formatos de archivo como MOL, SMI, CUBE, etc. Después de visualizar una estructura molecular, puede guardarla en el mismo archivo PDB o en otros formatos de archivo como CML, MOL, GZMAT, XYZ, etc.

Key Of IQMat.

Características principales de IQmol:

  • Visualización : Con ella, puede cambiar la proyección del modelo molecular, ajustar la apariencia del modelo y añadir etiquetas atómicas (masa del átomo, carga parcial, densidad de espín, etc.) al modelo.
  • Construcción : Ofrece varias herramientas con las que puede realizar diversos cambios en el modelo existente, como cambiar la simetría del modelo, cambiar el campo de fuerza, añadir nuevos átomos, cambiar la estructura, etc.
  • Cálculo : Con él, puede calcular la energía de la estructura molecular, las fuerzas, el barrido PES, el estado de transición, los desplazamientos químicos, etc.

Funciones adicionales:

  • Instantánea : Le permite tomar instantáneas de la estructura molecular en una vista determinada que puede guardar en formatos PNG, PPM, BMP, y FIG .
  • Animación : Esta función toma instantáneas continuas de la estructura que puede guardar en formatos BMP, PNG, y FIG .
    PPM formatos.

Reflexiones finales:

Es un software visualizador de PDB realmente bueno, ya que no sólo permite visualizar la estructura molecular, sino que también permite realizar otras tareas útiles como el cálculo, la edición de estructuras, la construcción de estructuras, etc.

Molekel

Molekel es otro software visualizador de PDB gratuito y de código abierto.
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Molekel

Molekel es otro visor de PDB gratuito y de código abierto para Windows, Linux y MacOS. A través de este software, puede visualizar fácilmente estructuras moleculares 3D de diferentes archivos moleculares incluyendo PDB como RXN, SDF, TMOL, VMOL, ZMAT, etc. La estructura molecular proporcionada por este software es muy limpia y fácil de analizar. Haciendo clic y arrastrando el ratón sobre la estructura molecular, se puede ver la estructura desde diferentes direcciones.

Principales características de este visor de archivos PDB:

  • Visualización : Le permite realizar cambios en la estructura 3D y también le muestra todos los cambios en la estructura en tiempo real. Cambios como Estructura del átomo (Hemisferio, SoEsfera, Esfera completa, etc.), Estructura del enlace (Cilindro, SoCilindro, Semicilindro, etc.), Estructura del residuo (Alambre, Palillo, Cinta de línea, etc.), etc., se pueden hacer usándolo.
  • Análisis : Usándolo, puede analizar datos de rejilla, densidad de espín, potencial electrostático molecular, espectro de radiación, etc., de la estructura molecular.
  • Superficies : Permite cambiar la densidad de electrones de la superficie de la estructura y añadir una superficie accesible al disolvente sobre la estructura.
  • Animación : Permite grabar movimientos de la estructura molecular en forma de animación.

Tras visualizar la estructura molecular en 3D, puede guardarla fácilmente en formatos de imagen PNG y TIFF .

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Reflexiones finales:

Es otro potente software visualizador de PDB que ofrece todas las herramientas esenciales de visualización de estructuras moleculares en 3D.

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Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer es un visor PDB gratuito para Windows y MacOS. Con este visor, puede ver la estructura de las proteínas, la estructura del ADN y otra información presente en un archivo PDB. En cuanto abra un archivo PDB en él, podrá ver un modelo molecular en 3D creado por este software utilizando los datos del archivo PDB. Para ver el modelo desde todas las direcciones, puede hacer clic sobre el modelo y arrastrar el ratón. En este software, también obtendrá una gran cantidad de herramientas de análisis para analizar el modelo PDB para saber más acerca de la estructura molecular. Después de la visualización y el análisis de la estructura molecular 3D, puede guardarla en el mismo PDB y en los formatos POV y PNG.

Características de Swiss-PdbViewer:

  • Visualización : Proporciona todas las herramientas de visualización de modelos PDB necesarias, como rotar, eje, mostrar superficie de puntos, mostrar columna vertebral, mostrar enlaces H, etc.
  • Construcción : Utilizándolo, puede editar el diseño del modelo PDB existente añadiendo enlaces, residuos, c-terminal y otros componentes. Además, también dispone de opciones para eliminar residuos, enlaces y romper la columna vertebral.
  • Tools : Se trata de un menú que ofrece diversas herramientas de análisis y cálculo de modelos, como el cálculo de energía, el cálculo de enlaces H, el análisis de dominios, la generación de motivos 3D, etc.
  • Color : Le permite resaltar diferentes partes (campo de fuerza, cadena lateral, proteínas, etc.) de un modelo PDB.
    el modelo en diferentes colores.

Reflexiones finales:

Es un software sencillo y fácil de usar si lo que desea es ver los datos del archivo PDB en forma de estructura molecular.


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Zeus

Zeus es otro software gratuito de visualización PDB para Windows. Es principalmente un software de visualización molecular en el que también se puede ver la estructura molecular de XYZ, MOL, SYBYL, y algunos otros formatos. A través de este software, puede generar fácilmente una estructura molecular cargando un archivo PDB que contenga los datos de la estructura molecular. Junto con el modelo molecular, también muestra Tabla de átomos (contiene información sobre ID, nombre y coordenadas de los átomos), Tabla de enlaces (muestra enlace, tipo, longitud y descripción de los átomos) y Tabla de estructura (contiene información sobre Phi, Psi, Omega y cadena). En él, también puede encontrar algunas herramientas de visualización y computacionales realmente buenas.

Características principales:

Características Adicionales:

Pensamientos Finales :

Es otro buen software para generar y ver una estructura molecular utilizando un archivo PDB.

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Molegro Molecular Viewer

Molegro Molecular Viewer es otro software gratuito de visualización PDB para Windows. Con la ayuda de este software, puede generar rápidamente una estructura molecular utilizando datos de archivos PDB. Aparte de PDB, también puede utilizar este software para ver archivos MOL, MDL, SDF, y ENT . Es útil simplemente para ver y analizar la estructura molecular generada.

Para generar y visualizar un modelo, basta con cargar un archivo PDB en este software. Para analizar de cerca la estructura, puede utilizar la rueda del ratón ya que le permite hacer zoom en la estructura. Además, al pasar el cursor sobre la estructura molecular, puede ver las propiedades de los diferentes enlaces estructurales, como la longitud del enlace, el número de átomos, los ángulos diedros, etc. Después de visualizar y analizar una estructura molecular PDB, puede exportarla en formatos de archivo PDB, MOL, y ENT .

Características de Molegro Molecular Viewer:

  • View : Le permite ver la estructura en diferentes modos como Docking View, Preparation View, Electrostatic Interactions, Pose Organizer View, etc.
  • Tools : Usándolo, puede analizar diferentes aspectos de un modelo como Surfaces, RMSD Matrix, Protein Hydrogen Bonds, Structural Protein Alignment, etc.
  • Rendering : Le permite renderizar la estructura en forma de wireframe, stick, ball and stick, o space fill.

Reflexiones finales:

Es otro software visualizador de PDB realmente bueno para ver correctamente
ver y analizar diferentes aspectos de la estructura PDB generada.

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Biodesigner

Biodesigner es un programa gratuito de modelado y visualización molecular que también puede utilizarse como software visor de PDB. En este software, también puede visualizar modelos moleculares presentes en archivos de otros formatos como ENT, ALC, BIO, CAR, MOL, HIN, etc. Este programa no sólo permite visualizar modelos moleculares, sino que también ofrece varias herramientas informáticas para calcular aspectos importantes de un modelo. En él, también puede obtener algunas herramientas de construcción para realizar mejoras en el modelo molecular existente. Tras visualizar y mejorar un modelo, puede guardarlo en los formatos PDB, ENT, y BIO .

Características principales:

  • Ver : Permite ver la estructura, el número de átomo de la estructura, el nombre del átomo, el nombre del residuo, el ángulo de enlace, el ángulo de torsión, la distancia entre la desviación RMS y más parámetros de la estructura.
  • Build : Utilizándolo, puede reconstruir enlaces, verificar la cadena de proteínas, renumerar átomos, y crear una imagen espejo de la estructura 3D.
  • Compute : A través de esta función, puede calcular la alineación estructural, la distancia RMSD, las coordenadas RMSD, y otros parámetros de la estructura.

Características adicionales:

  • Estilo : Le permite cambiar el aspecto de la estructura permitiéndole definir manualmente el color de los átomos, el material de los átomos, el estilo de la columna vertebral, el color de la columna vertebral, etc.
  • Rendering : Permite añadir o eliminar antialiasing, motion blur, sombreado, depth cueing y otros efectos de la estructura 3D de la proteína.

Reflexiones finales:

Este visor PDB ofrece todas las herramientas esenciales de visualización junto con algunas útiles herramientas de mejora.

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CueMol

CueMol es otro visor PDB gratuito para Windows, MacOS e iOS. Se trata principalmente de una herramienta de visualización de estructuras macromoleculares que también permite ver la estructura molecular presente en archivos como PDB, DX, MAP, MTZ, CNS, etc. Lo bueno de este software es que incluso te permite ver múltiples estructuras moleculares a la vez gracias a su interfaz multipestaña. En este software, usted obtiene algunas herramientas prácticas de mejora y renderizado de estructuras moleculares con las que también puede crear imágenes de estructuras moleculares listas para su publicación.

Características de CueMol:

  • View : Utilizándolo, puede ver la estructura molecular 3D del archivo PDB en Perspective o Orthographic view.
  • Render : Le permite renderizar el modelo molecular utilizando POV-Ray y animation rendering methods. Antes de renderizar la estructura, también puede definir varios parámetros de renderizado como DPI, Resolución, Tamaño, Tipo de Proyección, etc. Después de renderizar el modelo, puede ver y exportar la estructura renderizada en formato de imagen PNG .
  • Herramientas : Ofrece algunas herramientas de edición de estructuras moleculares como el cortador de superficies moleculares, la generación de superficies moleculares, el editor de enlaces moleculares, etc.

Reflexiones finales:

Este visor PDB viene con algunas potentes herramientas de renderizado y edición de estructuras moleculares que puede utilizar para mejorar aún más el modelo.

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Este visor PDB viene con algunas potentes herramientas de renderizado y edición de estructuras moleculares que puede utilizar para mejorar aún más el modelo.
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PubChem

PubChem es el siguiente software gratuito de visualización PDB
para Windows y MacOS. Se trata de un sencillo software de visualización de estructuras moleculares en el que se puede ver la estructura molecular presente en un archivo PDB . Además de PDB, también puede utilizarse para visualizar datos moleculares de archivos PC3D, ASN, SDF, GZIP, y XYZ . En cuanto se abre un archivo PDB, este software muestra su estructura molecular en dos visores distintos: Overlay y Tile . Según sus necesidades, también puede realizar cambios en la estructura utilizando átomos y enlaces ajustes.

Características principales:

  • Visor de superposición : Este visor muestra la estructura molecular gráfica en 3D que le permite analizar de cerca cada enlace y átomo de la estructura. Después de ver la estructura molecular en este visor, puede guardarla en los formatos de imagen PNG y JPG .
  • Tile Viewer : En él, puede ver muchas formaciones diferentes de la estructura molecular del archivo PDB de entrada para comprender mejor la estructura.
  • Atoms : Puede acceder a él desde el menú options que le ofrece opciones para escalar el tamaño de los átomos, cambiar el color de los átomos, hacer invisibles los átomos, ocultar los carbonos, etc.
  • Bonos : Proporciona opciones a través de las cuales puede cambiar el color de los enlaces, activar la información de los enlaces, hacer invisibles los enlaces, ajustar el ancho de los enlaces, etc.

Reflexiones finales:

Es un visor PDB sencillo pero potente en el que puede ver la estructura molecular 3D de un archivo PDB.

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RasMol

RasMol es otro visor PDB gratuito y de código abierto para Windows. Se trata de un sencillo software de visualización de estructuras moleculares en 3D que ofrece algunas excelentes herramientas de visualización. Sin embargo, este software no ofrece ninguna herramienta de análisis. En él, puede simplemente cargar PDB, MOL, XYZ, CIF, MOPAC, y otros archivos y ver su estructura molecular de proteínas. Además de visualizar la estructura, también puede realizar modificaciones en la estructura predeterminada a través de este software. Después de visualizar y hacer ajustes a la estructura, puede guardarla en BMP, GIF, PPM, PICT, VRML, y otros formatos de archivo.

Características de RasMol:

  • Visualización : Le permite visualizar la estructura 3D en modos como Wireframe, Backbone, Sticks, Ribbons, Strands, etc.
  • Colores : Le permite resaltar diferentes partes de la estructura molecular en diferentes colores como grupos, cadena molecular, etc.
  • Opciones : Usándolo, puede activar o desactivar Átomos de Hidrógeno, Átomos Hetero, Sombras, Etiquetas, etc., de la estructura molecular.

Limitaciones:

La falta de la función Zoom es la principal limitación de este software, ya que le impide analizar de cerca la estructura molecular.

Reflexiones finales:

Es un software visualizador de PDB simple y directo a través del cual se puede visualizar rápidamente una estructura molecular en 3D.

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QuteMol

QuteMol es otro visor de PDB gratuito y de código abierto para Windows y MacOS. Se trata de una herramienta dedicada a la visualización molecular que genera una visualización de alta calidad de la estructura molecular en 3D utilizando archivos PDB y VDB . En cuanto cargue un archivo PDB o VDB en este software, podrá ver una estructura molecular 3D en su interfaz. No sólo puede ver una estructura molecular 3D en él, sino que también puede hacer varios cambios en los colores y la estructura de la estructura molecular 3D por defecto.

Características de QuteMol:

  • Presets : Este software viene con varios presets utilizando
    preajustes con los que puede cambiar el aspecto, los colores y los tonos de la estructura molecular 3D predeterminada. Presets como Realistic 1, Cool, Simulated (S.E.M.), Shape Perception, etc.,
  • Geometría : Le permite cambiar la geometría por defecto de su estructura a Geometría Space-Fill, Geometría Licorice, y Geometría Balls n Sticks . Además, también dispone de opciones para cambiar los colores de los átomos y las cadenas.
  • Personalizar : Permite ajustar manualmente la iluminación, la intensidad de la luz, el color base, el cueing de profundidad, los halos y otros parámetros de la estructura 3D para personalizar su aspecto.
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    VMD

    VMD es el siguiente software gratuito de código abierto de visualización de PDB para Windows, MacOS y Linux. Es un programa más de visualización molecular que le permite visualizar estructuras moleculares en 3D utilizando datos de PDB, OFF, MOL, PLY, PQR, GRASP, y otros archivos. En este software, también puede abrir múltiples archivos PDB para visualizar múltiples estructuras moleculares 3D.

    Junto con una estructura molecular 3D, este software también muestra todas las propiedades importantes de la estructura como el número de átomos, el número de enlaces, el número de residuos, el número de fragmentos, etc. Como muchos otros programas de visualización de PDB, éste también le permite personalizar la estructura molecular según sus necesidades. Después de hacer ajustes a la estructura molecular, puede guardar sus datos en formato de archivo VMD .

    Características principales de VMD:

    • Visualización : Utilizándolo, puede ajustar la Vista del modelo molecular (Perspectiva u Ortográfica), Depth Cueing , Iluminación, Color de fondo, Ejes, etc.
    • Gráficos : Mediante esta función, puede ajustar el aspecto de una estructura molecular especificando manualmente el Perfil de color, Material, y Etiquetas .
    • Análisis : Con esta función, puede realizar análisis de Enlace de hidrógeno, Puentes de sal, Energía NAMD, Trazado NAMD, y más elementos de la estructura.

    Función adicional:

    • Renderizado : Le permite renderizar la estructura y guardarla en formato de imagen BMP .

    Reflexiones finales:

    Es un software visor de PDB gratuito y repleto de funciones que ofrece herramientas a través de las cuales puede analizar y visualizar fácilmente una estructura molecular 3D de un archivo PDB.

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    BALLview

    BALLview es una herramienta gratuita de modelado y visualización molecular que también puede utilizarse como visor de archivos PDB. Este software está disponible para plataformas Windows y MacOS. Además de PDB, también es compatible con otros formatos de archivos moleculares como MOL, SD, AC, y XYZ .

    Características de BALLview:

    • Visualización : Utilizándolo, puede ajustar el ángulo de la cámara para ver la estructura molecular 3D desde diferentes ángulos. Además, también dispone de herramientas de orientación general como rotar, mover, seleccionar, etc.
    • Construir : Dispone de muchas herramientas de construcción de estructuras moleculares que también puede utilizar para realizar cambios en la estructura molecular existente como Construir enlaces, Construir péptidos, Generar cristales, Añadir hidrógenos, Establecer elementos, etc.
    • Mecánica molecular
      Mecánica Molecular       : Utilizándolo, puede simular dinámica molecular y realizar cálculos de punto único en la estructura molecular PDB de entrada.
    • Exportar : Después de visualizar y modificar la estructura molecular de entrada, puede utilizar esta función para exportar la estructura molecular en PNG, STL, VRML, POV, y algunos otros formatos.

    Reflexiones finales:

    Se trata de un potente visor de PDB que ofrece muy buenas herramientas de visualización y construcción de estructuras 3D.

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    COSMOview

    COSMOview es otro de los visores PDB gratuitos para Windows. Con este software, puede generar y visualizar estructuras moleculares en 3D utilizando datos presentes en PDB, SDF, COORD, WRL, CCF, y otros formatos de archivo. Basta con cargar un archivo PDB en él para ver su estructura molecular en 3D. Utilizando el ratón y la rueda del ratón, puede moverse fácilmente por la estructura 3D y también hacer zoom en cualquier parte de la estructura. Después de ver la estructura, puede guardarla en el formato PNG .

    Características:

    • Toggle Wireframe Display : Utilizándolo, puede ver la estructura molecular en vista wireframe.
    • Viewer Options : A través de esta opció

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