6 Mejores Programas Gratuitos De Modelado Molecular Para Windows

He aquí una lista de Los mejores programas gratuitos de modelado molecular para Windows Estos programas le permiten dibujar las estructuras moleculares de diferentes compuestos químicos. Simplemente seleccione un elemento de la tabla periódica y colóquelo en el espacio de trabajo proporcionado. Puede añadir átomos de hidrógeno a su modelo con un solo clic o uno a uno manualmente. También puede cambiar el orden de los enlaces atómicos como simple, doble, triple, híbrido , etc.

En estos programas de modelado molecular, encontrará diferentes estilos para representar una estructura química. Estos estilos incluyen ball and stick, wireframe, wireframe CPK, CPK, stick, constelaciones, tuberías, CPK Spacefill , BallCylinder Low, BallCylinder Medium, etc. En un modelo molecular, también puede cambiar el color y el radio de los átomos. Además, también puede añadir una etiqueta al modelo molecular.

Para mayor comodidad, también se proporcionan algunos grupos y estructuras químicas. Alcoholes, aldehídos, alcanos, alquenos, alquinos, amidas, aminoácidos, carbohidratos, ácidos carboxílicos, éteres, sulfóxidos , etc. son algunas de estas estructuras químicas. Puedes utilizarlas directamente en tus modelos moleculares. Además de esto, las estructuras de ADN y ARN también están disponibles en algunos software de modelado molecular

.

En la mayoría de estos softwares, podrá realizar Cálculos Gaussianos, Cálculos de Energía, Optimizar la Geometría de un modelo químico, Cálculos de Espectro Electrónico, Cálculos de Base Dock , etc.

También encontrará un software que muestra la temperatura, presión, momento dipolar, momento cuadrupolar, energía, energía intermolecular, gradiente , etc. de una molécula.

Después de crear una estructura química, puedes guardarla en diferentes formatos, como PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, POV-Ray , etc.

Mi software de modelado molecular favorito:

Avogadro es mi software de modelado molecular favorito. Ofrece una interfaz de usuario sencilla que permite dibujar fácilmente diferentes estructuras químicas. También puedes cambiar el color de un átomo, el orden de los enlaces, etc. Además, hay diferentes estilos para representar una estructura química. Además, soporta múltiples formatos para exportar/guardar un modelo molecular, como SDF, SD, CHT, DMOL, GAM, INP, GAMIN, GAMOUT, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, POV-Ray , etc. También puede animar su modelo diseñado en Avogadro.

Quizás también te gusten algunos de los mejores programas gratuitos Chemistry Simulation , Physics Simulation , y Resistor Color Code Calculator para Windows.

Avogadro

Avogadro es un software gratuito de modelado molecular para Windows . Viene con una interfaz sencilla que ofrece un dibujo químico sin complicaciones. En su menú desplegable están disponibles algunos elementos de uso común (carbono, oxígeno, boro, flúor, fósforo, etc.). Otros elementos pueden seleccionarse de la tabla periódica incorporada. Otro menú desplegable permite seleccionar el orden de enlace como simple, doble, o triple Si activa la opción Ajustar hidrógenos, el software ajusta automáticamente el número de hidrógenos en un modelo molecular. Además, puede sustituir todos los átomos de hidrógeno de una estructura química por metilo

.

Puede realizar las siguientes acciones en un modelo molecular:

• Cambiar su etiqueta (nombre).
• Cambiar el color de cada átomo de un modelo molecular.
• Cambiar el radio de cada átomo por separado en una estructura molecular.

Además, también encontrará una variedad de modos de visualización para una estructura química: Esferas de Van der Waals, wireframe, wireframe simple, stick , etc. También tiene una opción para mostrar u ocultar momento dipolar, fuerza, enlace de hidrógeno , etc. en un modelo molecular.

Avogadro proporciona dos tipos de vistas (vista en perspectiva y vista ortográfica) para cada modelo molecular. Puede insertar directamente las estructuras 3D de grupos químicos, como alcoholes,
aldehídos, alcanos, alquenos, alquinos, amidas, aminoácidos, hidratos de carbono, ácidos carboxílicos, éteres, ácidos grasos, ligandos, esteroides, tioles, sulfóxidos , etc. Además, también puede insertar estructuras de ADN y ARN . Antes de insertar una estructura de ADN o ARN, puede ordenar la secuencia de sus bases. También puede seleccionar si desea insertar un ADN monocatenario o bicatenario.

La animación es una función adicional de este software gratuito de dibujo químico.

Después de completar su proyecto, puede guardarlo en muchos formatos diferentes, como CML, XYZ, ENT, PDB, ALC, CHM, CDX, CDXML, C3D1, C3D2, SDF, SD, CHT, DMOL, GAM, INP, GAMIN, GAMOUT , etc. Además, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, y POV-Ray son algunos de los formatos para exportar un proyecto de modelo molecular.

Avogadro es un gran software de modelado molecular que viene con un montón de características. Es uno de los mejores programas gratuitos de modelado molecular.

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Ascalaph Designer

Ascalaph Designer es otro buen software de dibujo molecular de esta lista. Puede crear modelos moleculares de diferentes compuestos seleccionando átomos de la tabla periódica. Para lanzar la tabla periódica, tiene que abrir el panel Dibujo libre en el menú Construir > Dibujo libre. O bien, puede hacer clic directamente en el botón "Dibujar molécula con el ratón" disponible en su barra de herramientas. Para colocar el átomo seleccionado en el área de trabajo, mantenga pulsadas las teclas Ctrl + Mayús. El panel de Dibujo viene con algunas opciones más junto con la tabla periódica:

• Puede añadir o eliminar átomos de hidrógeno con un solo clic.
• Puede colocar un átomo de par solitario en el área de trabajo.
• Puede cambiar el orden de los enlaces como simple, doble, triple, aromático, cuádruple, quíntuple, sextuple, séptuple, y óctuple .
• Kernel box : Esta caja contiene algunas estructuras de uso común que puede utilizar directamente en su modelo químico. Estas estructuras incluyen metano, eteno, agua, amoníaco , etc.

El Panel de Dibujo también muestra la información de cada átomo en la tabla periódica haciendo clic sobre él. Esta información incluye la masa molecular de un átomo, su configuración electrónica, y la longitud de los enlaces covalentes y de Van der Waals .

Después de dibujar una estructura molecular, puede analizar su temperatura, presión, momento dipolar, momento cuadrupolar, energía, energía intermolecular, gradiente , etc. Además, también tiene una función de optimización de la geometría, mediante la cual puede cambiar la distancia entre dos átomos, el ángulo entre dos átomos, etc.

Hablando de vistas, puedes representar tu modelo molecular en 5 estilos: bola y palo, wireframe, wireframe CPK, CPK, y palo .

Le permite guardar el modelo molecular en mim, hin, mmol, smol, xmol , etc.

En definitiva, Ascalaph Designer es un gran software para diseñar estructuras moleculares. Descárguelo ahora.

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ArgusLab

Descargue ArgusLab , un software gratuito de dibujo químico y cree diferentes estructuras químicas.
modelos. Con este software gratuito de química, puede dibujar fácilmente las estructuras químicas de varios compuestos. Puede seleccionar cualquier elemento de la tabla periódica incorporada para crear una estructura química. Todos los átomos que ha colocado en su modelo están disponibles en la parte izquierda del software para un fácil acceso.

En el menú Editar del software, encontrará una opción llamada Auto Enlaces. Activando esta opción se formarán enlaces químicos entre los átomos de un compuesto. Por defecto, se forma el enlace simple entre dos átomos. Puede cambiar el enlace simple a doble, triple, o híbrido fácilmente haciendo clic con el botón derecho del ratón sobre ese enlace. Además, existen varias opciones de renderizado para representar una estructura química. Puede ajustar el modo de renderizado a Wireframe, Cylinder Low, Cylinder Medium, BallCylinder Low, BallCylinder Medium, BallCylinder High , etc.

Hablando del hidrógeno, el hidrógeno es el elemento más importante de la estructura química.

En cuanto a los átomos de hidrógeno, puede añadir todos los átomos de hidrógeno a la estructura química con un solo clic. Sin embargo, también puede añadirlos uno a uno manualmente. Además de esto, también puede cambiar el color de un átomo.

ArgusLab también le permite realizar Cálculos Gaussianos, Cálculos de Energía, Optimizar la Geometría de un modelo químico, Cálculos de Espectro Electrónico, Cálculos de Base de Dock , etc. Cada uno de los cálculos disponibles puede personalizarse estableciendo valores de diferentes parámetros. Por ejemplo, puedo optimizar el Cálculo de Geometría cambiando diferentes parámetros como Conversión de Gradiente, Iteraciones Máximas, RHF, etc.

También están disponibles funciones básicas como acercar, alejar, rotar, mover, etc.

Para mayor comodidad, el programa incluye algunas estructuras básicas de anillos y aminoácidos. Puede utilizar estas estructuras directamente en su modelo molecular. Estas son algunas de las estructuras disponibles:

• Anillos : Ciclopropano, Ciclobutano, Ciclopentano, Ciclohexano-Chair, Ciclohexano-Boat, Antraceno, Pirimidina, Pirrol, indol, etc.
• Aminoácidos : L-alanina, L-arginina, Glicina, L-serina, L-triptófano, L-isoleucina, L-histidina,L-prolina, etc.

Después de crear un modelo químico, puede guardarlo en diferentes formatos: AGL, PDB, MOL , etc. Además, también puede exportar el modelo químico en diferentes formatos gráficos ( BMP, JPG, POV, y TIFF ).

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MoluCAD

MoluCAD es otro software gratuito de dibujo químico para dibujar modelos químicos. Permite dibujar estructuras químicas tanto en 2D como en 3D. En el panel derecho del programa están disponibles algunos de los elementos más utilizados para crear una estructura química. Se pueden añadir otros elementos al modelo químico desde la tabla periódica. Puede abrir la tabla periódica desde el menú Ver.

Hay cuatro vistas diferentes disponibles para cada estructura química, a saber, vista superior, vista frontal, vista lateral, y vista oblicua Puede conectar todos los átomos de una molécula con enlaces simples, dobles, triples, o enlaces híbridos Además, también puede cambiar cualquier átomo o enlace de una molécula haciendo clic con el botón derecho del ratón sobre él.

Modos de renderizado : Dispondrá de más de 5 modos de renderizado para representar una estructura química. Estos incluyen Ball & Stick 1, Ball & Stick 2, Ball & Stick 3, Space Fill, Pipes, Constellation , etc.

MoluCAD viene con más de 5 modos de renderizado.

MoluCAD viene con un gran número de estructuras moleculares prediseñadas clasificadas en diferentes carpetas:

• Cool Files : Las moléculas que encontrará aquí incluyen Apoproteína, Aspartamo, Proteínas de Unión, Proteínas de Unión a Biotina, Coagulación
  Factor de Coagulación, Proteína de Unión a Complejos, Cristalina, Conotoxina, Citocina, ADN, Proteína Reguladora de la Unión al ADN, Quinasa, Liasa, Fotorreceptor, Proteína de Semilla Vegetal, ARN, Proteína Ribosómica, Toxina, Metaloproteasa de Zinc, y muchos más.
• Elementos : Algunos elementos comunes como Carbono, Bromo, Boro, Oxígeno , etc. están disponibles aquí.
• Grupos Funcionales : Grupos Alquilo, Acetilo, Alcohol, Alqueno, Aldehído, Carboxilo, Éter, Éster , etc. son algunos de los grupos funcionales a los que puede acceder desde aquí.
• Moléculas : Aminoácidos, Acetofenona, Cloruro de Acetilo, Azuleno, Benceno, Ácido Benzoico, Dicianuro de Carbonilo, Bromuro de Etilo, Naftaleno , etc. se proporcionan en esta sección.

Puede animar sus modelos químicos creados. La animación hará girar las estructuras moleculares a una velocidad fijada por el usuario. Mientras se ejecuta la animación, puede variar la velocidad de cada eje del modelo molecular por separado.

Query es una característica importante de MoluCAD. Te permite calcular la distancia entre dos átomos, la longitud de enlace, el ángulo de flexión, el ángulo de torsión, la masa total del cluster , etc.

Guarda el proyecto en su propio formato de archivo MCD soportado. Pero, puede exportar el proyecto en diferentes formatos, como JPEG, Windows Bitmap, MDL Molfile, ASCII Text File , etc.

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YASARA

YASARA es otro software de modelado molecular para Windows. Es un gran software para crear y simular estructuras moleculares simples, como Metano (CH4), Borano (BH3), etc. Pero no he podido crear estructuras químicas que contengan más de una molécula, como etano (C2H6), butano (C4H10), etc. También tiene una opción para añadir todos los hidrógenos a un átomo/molécula en un solo clic. Si hablo de las funciones básicas, puedes hacer lo siguiente con un modelo químico:

• Añadir/eliminar hidrógenos.
• Dividir molécula/residuo/átomo.
• Unir molécula/residuo/átomo.
• Colorear molécula/residuo/átomo.
• Cambiar el estilo de molécula/residuo/átomo como Ball, Ball & Stick, y Stick .
• Acercar o alejar el modelo, etc.

También permite cambiar la geometría de un modelo químico inflando o desinflando los átomos. Las propiedades de los átomos y el contenido de la escena están disponibles en la pantalla. Además, también dispone de un botón de auto-rotación, pulsando el cual los modelos moleculares comienzan a rotar.

Puede guardar su modelo molecular creado como Escena YASARA, Objeto YASARA, Archivo PDB, Captura de Pantalla Normal , etc.

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Jmol

Jmol es un software de modelado molecular de código abierto basado en JAVA. No tiene muchas características avanzadas en comparación con otros programas de modelado molecular de esta lista, pero aun así, es un buen programa de modelado molecular. Puede crear fácilmente estructuras químicas de diferentes compuestos. Además, añadir o cambiar enlaces en un compuesto químico no es una tarea difícil.

Algunos elementos de uso común (carbono, oxígeno, hidrógeno, nitrógeno, flúor, cloro, etc.) están disponibles en la lista para crear estructuras químicas. Si su modelo químico requiere elementos distintos de los disponibles, deberá añadirlos manualmente escribiendo su símbolo, por ejemplo Zn para Zinc. Puede añadir un máximo de 9 elementos por cada sustancia química.
para cada compuesto químico.

La no disponibilidad de la tabla periódica en el software lo hace bastante inestable para el modelado molecular.

Se proporcionan múltiples vistas para un modelo: superior, izquierda, derecha, inferior y frontal. Además, también está disponible la opción de visualización en diferentes ejes.

También puede variar las Fuerzas de Van der Waals entre átomos a 15%, 20%, 25%, etc. En cuanto a los enlaces, puede mostrarlos en una sola estructura alámbrica o ajustar su anchura a 0,10 Angstroms, 0,15 Angstroms, 0,20 Angstroms, etc. Toda la estructura molecular se puede mostrar en diferentes estilos, como CPK Spacefill, Ball and Stick, Wireframe , etc.

La herramienta de medición permite medir la distancia entre dos átomos de una molécula. La distancia medida se muestra en nanómetros, Angstroms, y picómetros Puede aumentar o disminuir la distancia de enlace arrastrando un átomo. También tiene una opción para animar las estructuras moleculares .

Después de crear un modelo molecular, puede guardarlo en formatos JPG y POVRay . Además, también puede exportarlo a una página web.

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