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He aquí una lista de los mejores programas gratuitos de visualización de moléculas para Windows. Estos programas ayudan a los entusiastas de la ciencia a visualizar y estudiar estructuras moleculares en 3D. Para ver las estructuras moleculares, es necesario importar un archivo de molécula. La mayoría de estos programas de visualización de moléculas admiten distintos formatos de archivo, como Protein Databank (PDB), Molecular Model Files (XYZ), Alchemy File Format, Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format, etc. En ellos también se muestran las propiedades de las moléculas, que incluyen estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, número másico, número atómico, etc. En algunos de ellos, puede incluso editar moléculas o construir archivos de moléculas desde cero.
Para facilitar el proceso de visualización molecular, proporcionan todas las herramientas esenciales y algunas avanzadas de visualización y navegación. Puede personalizar la estructura de la molécula visualizada cambiando el estilo de representación molecular como Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc. Además, puede personalizar preferencias como mostrar etiquetas, esquemas de color, luz puntual, depth cueing, halos, luz ambiental, bordes, etc. Puede navegar fácilmente a través de la estructura molecular utilizando herramientas como acercar/alejar, rotar, auto-rotar, mover, girar , etc.
También puede exportar la estructura molecular personalizada como una imagen en todos estos programas de visualización de moléculas. Además, algunos de ellos también permiten crear animaciones de moléculas.
Mi visor de moléculas gratuito favorito para Windows
De esta lista, el que más me gustó fue IQmol . Es un visor de moléculas 3D y un editor de moléculas muy completo. Además, su interfaz está muy bien diseñada, lo que proporciona una buena experiencia de visualización de moléculas. Molekel es mi segundo favorito, ya que admite un buen número de formatos de archivos de moléculas. Avogadro también está muy bien porque ofrece algunas herramientas adicionales como Animate Trajectory, Optimize Geometry, Calculate Energy, Setup Force Field, Crystallography, etc.
De esta lista, el que más me ha gustado es IQmol .
También te pueden gustar algunos de los mejores programas gratuitos Molecular Modeling Software , Chemical Reaction Simulators , y Molecular Mass Calculators para Windows.
IQmol
IQmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto, así como un software editor de moléculas para Windows. Proporciona un buen número de herramientas para visualizar estructuras moleculares y estudiar las propiedades de las moléculas.
Para visualizar moléculas, puede abrir un archivo de molécula como PDB, MOL, CUBE, etc. Los formatos exactos de importación soportados no están claros ya que no los menciona. Al abrir un archivo de molécula, la vista del modelo respectivo se puede ver desde el panel izquierdo. Incluye átomos, enlaces (longitud de enlace), geometrías, etc. También se pueden añadir y configurar superficies especificando el tipo (Van Der Waals, Promolecule, SID), Isovalor, color, opacidad, calidad, etc. Para ver las moléculas, le permite configurar las propiedades de visualización, tales como mostrar ejes, configuraciones de cámara (proyección, rotación, posiciones, etc.), apariencia (shader, POV-Ray), etiquetas de átomos (elemento, índice, masa, NMR, carga parcial, densidad de spin,), etc. También te permite ver y analizar moléculas a pantalla completa. Puedes rotar la estructura, acercarla/alejarla, girarla, etc. Por último, puede guardar la estructura de la molécula mostrada como una imagen PNG, BMP, etc. Ofrece una opción para grabar la animación que básicamente guarda cada fotograma de la animación como imagen BMP.
Como también es un editor de moléculas, puedes construir o editar moléculas. Desde su menú Build, puedes encontrar opciones como Insert Molecules by ID, Fill Valencies With Hydrogens, Set Isotopes, Set Geometric Constraints, Minimize Structure, Select Force Field, Symmeterize Molecule, Set Symmetry Tolerance, etc. Después de construir o editar moléculas, puede guardarlas en un archivo. Los formatos de archivo para guardar moléculas incluyen XYZ, PDB, CML, MOL, GZMAT, etc. También ofrece la opción de realizar cálculos Q-Chem.
En definitiva, se trata de un gran software de visualización de moléculas que cuenta con una interfaz de usuario limpia e intuitiva.
También ofrece una sección dedicada al historial para ver todas las acciones realizadas.
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Molekel
Página de inicio | Página de descarga Molekel
Molekel es un bonito visualizador de moléculas en 3D con una interfaz gráfica de usuario limpia. En él, puede abrir archivos de moléculas y, a continuación, visualizar y estudiar moléculas personalizando varias opciones de visualización. Para introducir un archivo de molécula, soporta una amplia gama de formatos que incluyen PDB, XYZ, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, MOL, MOL2, TMOL, y algunos más. En cuanto importe un archivo molecular, podrá ver su representación visual y sus propiedades en la interfaz principal. Las propiedades incluyen estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, energía, residuos, conformadores, masa molar, masa exacta, multiplicidad de espín, carga, frecuencias de vibración, etc. En cuanto a la visualización de moléculas, estas son las funciones que ofrece este programa gratuito:
- Molecule Visualization.
- Se pueden configurar las opciones de visualización de la molécula, como la forma de la molécula (CPK, stick, ball & stick, wireframe, etc.), la forma del átomo (semiesfera, esfera, cartelera, etc.), la forma del enlace, el residuo, el detalle del átomo, el color del átomo, la escala, etc.
- Además, permite personalizar el fondo y las propiedades de la vista 3D y activar/desactivar la sonda plana, la barra escalar MEP, los cuadros delimitadores, los ejes, etc.,
- Puede rotar, girar o acercar/alejar la estructura molecular utilizando el ratón.
- Proporciona diferentes modos de interacción para mejorar la experiencia de visualización, incluyendo Cámara, Molécula y Elegir átomo/vínculo.
- Le permite visualizar la superficie generada con densidad de electrones, líneas de cuadrícula, superficie accesible al disolvente y superficie excluida del disolvente. La superficie accesible al disolvente y la superficie excluida del disolvente se calculan primero a medida que se especifican los parámetros relacionados.
- Le permite abrir diferentes archivos de moléculas y visualizarlos todos a la vez. De este modo, puede combinar y guardar archivos de moléculas en cualquiera de los formatos admitidos.
- Puede guardar la vista molecular como imagen (PNG, TIFF), PostScript, EPS o archivo PDF.
- Dispone de algunas herramientas de análisis adicionales, como la sonda plana, el espectro de radiación, etc.
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Avogadro
Avogadro es un visor de moléculas gratuito, de código abierto y multiplataforma de esta lista. También es un software creador y editor de moléculas. Para visualizar moléculas, puede importar un archivo en formatos como PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, MOL, MOL2, SDF, DMOL, etc. Las moléculas pueden visualizarse en perspectiva o en proyección ortogonal. Las opciones básicas de visualización como rotar, acercar/alejar, selección, etc., están disponibles en él. Además, dispone de una herramienta de auto-rotación , auto-optimización , vista separada , modo de pantalla completa , y opción de alinear moléculas . Ofrece una función de selección avanzada que permite seleccionar por elemento, residuo, patrón SMARTS, disolvente, etc. También puede ver las propiedades de la molécula, el átomo, el enlace, el ángulo, la torsión y el conformador. La representación de la molécula puede exportarse como imagen PNG, BMP o JPEG. También puede exportar gráficos vectoriales (PDF, SVG, EPS), POV-Ray, y modelo VRML.
Puede construir moléculas en él utilizando herramientas como Añadir Hidrógenos, Insertar Fragmento, ADN/ARN, SMILES, y Péptido, Super Cell Builder, Nanotube Builder, Cambiar H a Metilo, Cartesiana
Editor cartesiano, etc. También dispone de muchas herramientas avanzadas como Animar trayectoria, Optimizar geometría, Calcular energía, Configurar campo de fuerza, Cristalografía, etc. Contiene varios plugins que le ayudan a analizar estructuras moleculares como interactuar con moléculas, crear diálogos de archivos de entrada para códigos cuánticos, generar diálogos de propiedades de moléculas, crear superficies, etc.Página de inicio | Página de descarga
Molegro Molecular Viewer
Molegro Molecular Viewer es otro software de visualización de moléculas que viene con una interfaz bien diseñada. Puede importar directamente moléculas desde archivos de moléculas MOL, MOL2, PDB, SDF, SD, MDL, MVDML y ENT. Al hacerlo, en el panel izquierdo se enumeran diferentes aspectos del archivo importado, como ligandos, proteínas, agua, cavidades, cofactores, etc., con sus respectivas propiedades. También se muestra una representación visual en la interfaz. La vista puede configurarse como vista de acoplamiento, interacción de enlace de hidrógeno, vista de preparación, hidrofobicidad, interacción electrostática, vista de organizador de pose o vista de estructura secundaria. También se pueden ocultar los residuos y la niebla. Le permite configurar las opciones de renderizado para establecer las opciones de visualización de la proteína, el ligando, la pose, el cofactor y el agua, como la representación geométrica (wireframe, ball & stick, stick, spacefill), el color, etc. Puede capturar la estructura de la molécula y guardarla como imagen PNG, JPEG o BMP.
Entre las herramientas adicionales de este visor 3D de moléculas se incluyen Pose Organizer, Create Labels, Create Surfaces, RMSD Matrix, Sequence Viewer, Biomolecule Generator, Ligand Energy Inspector, Structure Protein Alignment, Ligand Map, Energy Map, etc.
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Jmol
Jmol es el siguiente visor gratuito de moléculas 3D de código abierto para Windows. También es portátil, por lo que puede ejecutarse sin necesidad de instalación. Para ver la estructura de la molécula, puede abrir archivos de moléculas PDB, MOL, etc. Puede personalizar varios ajustes de vista como el tamaño del átomo, radio de enlace, mostrar medidas, mostrar etiquetas, mostrar ejes, etc. Para analizar correctamente la estructura molecular, utilice opciones como rotar, zoom, etc. Proporciona algunas herramientas útiles como Measurements, Animate, Surface Tool, AtomSetChooser, etc.
Proporciona varias opciones de exportación.
Proporciona varias opciones de exportación para renderizar la escena molecular actual. Estas incluyen Exportar Imagen, Exportar a Página Web, Renderizar en POV-Ray, etc.
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Bioclipse
Bioclipse es un visor de moléculas gratuito y portátil para Windows. En él, puede explorar varios archivos moleculares y ver las respectivas estructuras moleculares en 3D. Proporciona un buen navegador Bioclipse para navegar fácilmente a través de los archivos añadidos. Se pueden visualizar diferentes estructuras moleculares gracias a su interfaz multipestaña. En el panel derecho se muestra un esquema del archivo de la molécula que contiene los átomos. También puede seleccionar un átomo, enlace o molécula de la estructura y ver sus respectivas propiedades como número atómico, número másico, símbolo, orden de enlace, etc. En la interfaz también se muestra una estructura 2D del archivo de molécula abierto.
interfaz.Ahora, hablando de sus opciones de visualización y navegación, dispones de todas las herramientas de visualización estándar. Estas incluyen rotar, hacer zoom, mover, girar, etc. Además, puedes personalizar el estilo de representación (átomos, etiqueta, esquema, enlace, etc.), colores, medidas, etc. La estructura personalizada de la molécula se puede exportar como archivos JPG, PNG, POV-RAY, VRML 3D Model, X3D 3D Model, Maya 3D Model, etc.
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RasMol
RasMol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para Windows. Le permite visualizar moléculas en diferentes modos de visualización incluyendo Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, Cartoons, y Molecular Surface. Puede cambiar el color de las moléculas a monocromo, estructura, cadena, grupo, modelo, usuario, temperatura, etc. Para visualizar las moléculas, también puedes utilizar opciones como Modo losa, Hidrógeno, Átomos hetero, Especular, Sombra, Estéreo y Etiquetas. También puede rotar el enlace de la molécula.
Para la visualización de moléculas, admite archivos como Protein Databank, Alchemy File Format, Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format, etc. Después de abrir un archivo, también puede ver la información relacionada, que incluye el nombre de la molécula, la clasificación, el nombre de la base de datos y el número de cadenas, grupos, átomos y enlaces. También dispone de un menú dedicado a la Exportación para exportar la visualización molecular a diferentes archivos como BMP, GIF, IRIS RGB, PPM, Sun Raster, Post Script, POVRay, VRML, Raster3D, etc.
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QuteMol
QuteMol es el siguiente visor gratuito de moléculas 3D para Windows. Para la visualización de moléculas, sólo admite archivos moleculares en formato Protein Data Bank File (PDB, VDB). Se puede elegir un preajuste de visualización para ver moléculas como Realista, Sólo Luz Directa, Ilustrativo, Frío, Simulado, etc. También puede personalizar la visualización según sus preferencias. Las moléculas pueden visualizarse personalizando la geometría. Puede seleccionar la opción de visualización Space Fill, Licorice (con grosor) o Balls'n'Stick y también cambiar el color del material. También permite configurar otras preferencias para visualizar las moléculas. Entre ellas, personalizar el color base, el fondo, la luz puntual, el cueing de profundidad, los halos, la luz ambiente, los bordes, etc. Si lo desea, puede guardar la visualización actual de las moléculas como una imagen, incluyendo JPG y PNG. También es posible crear una animación GIF de las moléculas.
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PubChem
PubChem es otro de los programas sencillos de visualización de moléculas para Windows. Permite examinar archivos de moléculas y visualizar su estructura en 3D. Para importar un archivo de moléculas, además de sus formatos nativos, admite archivos SD (SDF), archivos moleculares comprimidos (GZIP) y archivos de modelos moleculares (XYZ). Al abrir un archivo, muestra las moléculas en estructuras en mosaico y superpuestas. Por lo tanto, puede ver la estructura de una sola molécula o múltiples moléculas en mosaicos. Para ver la molécula, puede utilizar opciones como rotar, escalar, hacer zoom, alinear, etc. Además, puede personalizar las opciones de visualización como átomos, enlaces, moléculas, caja, símbolo, etc. Puede guardar la estructura molecular superpuesta como imágenes PNG y JPEG.
Utilizando el botón Preferencia, puede configurar opciones como la calidad de la imagen, el modelo de luz, el color de fondo, el ángulo de visión, la estrategia de escala, la ortogonalidad, etc.
estrategia, proyección ortogonal, escala de átomos, coloreado de átomos, información de átomos, coloreado de enlaces, información de enlaces, anchura de enlaces, etc.Página de inicio | Página de descarga
VMD
VMD es otro visor de moléculas en 3D para Windows. Ofrece ventanas independientes para importar y gestionar archivos de moléculas y para la visualización de moléculas. Soporta un buen número de formatos de archivo para importar moléculas, como PDB, OFF, MOL, PLY, PQR, GRASP, Tinker, etc. Utilizando su opción Archivo > Nueva Molécula, puede buscar un archivo molecular en un formato soportado. Al hacerlo, muestra la información del archivo y la vista 3D de la molécula en ventanas específicas. Puede abrir varios archivos de moléculas y alternar entre cada uno de ellos para ver las moléculas respectivas.
Al igual que otros programas de visualización molecular, también permite personalizar la vista molecular configurando la representación, el color, los materiales y las etiquetas. Para una mejor experiencia de visualización de moléculas, puedes utilizar opciones como rotación automática, vista en perspectiva u ortogonal, indicador de FPS, cambio de fondo, estéreo, escenario, modo de renderizado, etc. Además, puedes configurar el ratón en modo rotación, traslación o escala, añadir etiquetas de átomo, enlace, ángulo o diedro, añadir o eliminar enlaces, etc. Para guardar la escena molecular actual como imagen, utilice la opción Archivo > Renderizar e introduzca manualmente la extensión del formato de imagen. También puede utilizar otras técnicas para renderizar y guardar la visualización molecular actual, como STL, Raster3D, POV-Ray, VRML, Wavefront, etc.
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VMD también proporciona algunas extensiones para diferentes funciones como Análisis, Modelado, Simulación, Consola Tk, etc. Para la visualización molecular, ofrece extensiones como Camera Navigator, Movie Maker, ViewMaster, Palette Tool, Virtual DNA Viewer, etc.
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BALLView
BALLView es otro software de visualización de moléculas para Windows. Los archivos moleculares compatibles con este software son PDB, HIN, BRK, ENT, MOL, MOL2, SDF, AC y XYZ. Estas son algunas de sus características, que garantizan una agradable experiencia de visualización molecular
- Puede personalizar la vista según sus preferencias, como los colores, el modo de dibujo (alámbrico, puntos, sólido, toon), la configuración de los materiales, el modelo de visualización (bola y palo, palo, columna vertebral, cinta, fuerzas, etc.), etc. Además, puede configurar los ajustes de la cámara, crear planos de recorte, etiquetas, etc, activar el modo rotar/picar/mover, etc.
- Algunas herramientas de mecánica molecular como Single Point Calculation, Energy Minimization, y Molecular Dynamics también están disponibles en este software.
- Le permite exportar la estructura molecular mostrada como imagen PNG, POV-Ray Scene, o 3D Prototyping Data file.
Aparte de la visualización molecular, le permite crear moléculas usando herramientas como Build Peptides, Build Bonds, Add Hydrogen, Assign Bond Orders, etc. También admite la carga de scripts Python y plugins adicionales y permite calcular la estructura secundaria, los enlaces H y la electrostática FDPB.
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UGENE
UGENE es un software bioinformático gratuito de código abierto que puede utilizarse como visor de moléculas para Windows. Admite muchos formatos de archivo para importar y analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas.
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Para visualizar moléculas, puede abrir un archivo PDB, MMDB, etc., y ver su estructura en 3D en un visor dedicado.
en una sección específica. Puede personalizar varios ajustes de visualización que incluyen el estilo de representación, esquemas de color, estilo de representación de la superficie molecular, establecer el color de fondo, etc. También puede girar las moléculas, alinear la estructura y, posteriormente, exportar la estructura molecular como archivo (PNG, JPEG, BMP, SVG, TIFF, PDF, etc.).Para saber más sobre sus principales características, consulte este enlace .
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COSMOview
COSMOview es otro software que permite abrir archivos de moléculas y visualizarlas en 3D. Para abrir un archivo, admite los formatos PDB, CCF, Energy, XYZ, WRL, SDF, etc. Es un visor de moléculas bastante básico en comparación con otros programas de esta lista. Proporciona opciones básicas de visualización que incluyen el tamaño de la ventana, la suavidad del disco, el color de fondo, las propiedades de los átomos, las opciones de enlace y las propiedades de las etiquetas. Puedes rotar o acercar/alejar la vista de la molécula usando el ratón. Si lo desea, puede guardar la visualización molecular como una imagen PNG.
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Zeus PDB Viewer
Zeus PDB Viewer , como su nombre indica, es un visor de archivos moleculares PDB para Windows. Además de archivos PDB, también admite archivos MOL, MOL2, XYZ, etc. Junto con la representación de la estructura de la molécula, también muestra una lista de residuos. También puede ver átomos, enlaces, estructura y detalles del archivo. Puede cambiar la geometría de las moléculas a wireframe, ball & stick, balls & wire, triangular tubes, square tubes, o space filling. También puede activar la función de rotación automática. Proporciona algunas herramientas útiles, como calcular enlaces H, enlazar átomos no enlazados, mostrar la secuencia del modelo, encontrar la secuencia, etc. Puede exportar la estructura molecular como una imagen BMP.
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