6 Mejores Programas Bioinformáticos Gratuitos Para Windows

He aquí una lista de los mejores programas bioinformáticos gratuitos para Windows Con estos programas, podrá ver y analizar datos biológicos como secuencias de ADN , ARN , etc. Los datos biológicos que se analizan proceden de diversas especies, como aptMan, Bos taurus, Gorilla, etc. Para analizar un determinado genoma , es necesario utilizar la base de datos soportada o proporcionar un archivo de secuencia. Los archivos de secuencia pueden ser de varios tipos como .mga, .txt, .pir, etc. Puede ver fácilmente la secuencia contenida en los archivos de entrada en la interfaz de estos programas para comprender y analizar claramente la secuencia en términos de función, estructura, evolución, etc. La mayoría de los programas utilizan códigos de color para marcar las secuencias que constan del mismo elemento. Además de esto, existen muchas otras herramientas de visualización y análisis que puede utilizar, como el zoom in/out, la vista de estructura 3D, el diagrama de árbol, etc.

Si tiene suficientes conocimientos sobre secuencias genéticas, también puede editar secuencias con facilidad utilizando estos programas de bioinformática. En la edición de secuencias, puede cambiar los caracteres de las secuencias, cambiar la codificación de colores de las secuencias, añadir anotaciones, etc. Después de la modificación, también puede elegir guardar la versión modificada de las secuencias en TXT , XLX , GB , etc. formatos de archivo.

Mi software bioinformático favorito para Windows:

Integrated Genome Browser es mi software favorito de esta lista porque permite navegar por los códigos genómicos de muchas especies desde su interfaz. Además, también te permite añadir y ver manualmente archivos de códigos genómicos. También me parece un software muy fácil de usar a través del cual se puede ver y analizar sin esfuerzo los códigos del genoma.

También puede consultar las listas de los mejores programas gratuitos Ecosystem Software , Phylogenetic Tree Viewer , y Genetic Heredity Calculator para Windows.

Integrated Genome Browser

Integrated Genome Browser es un software bioinformático gratuito y de código abierto para Windows. Este software se utiliza principalmente para visualizar y analizar grandes conjuntos de datos genómicos Este software viene con secuencias genómicas de muchas especies como Apis mellifera, aptMan, Bos taurus, Gorilla, y más. Cada especie tiene un número diferente de secuencia del genoma y la longitud que usted puede seleccionar fácilmente y analizar utilizando este software. Además, también puede abrir archivos genómicos y enlaces URL de archivos genómicos para ver y analizar conjuntos de datos genómicos externos.

Cómo analizar conjuntos de datos genómicos utilizando Integrated Genome Browser:

  • En primer lugar, elija Especimen y Genome version en la sección Species.
  • Abra conjuntos de datos desde fuentes de datos remotas (pestaña Data Access ) o abriendo archivos locales. Cuando seleccione un conjunto de datos o un archivo, este software añadirá una nueva pista vacía a la vista principal y la listará en la tabla Data Management .
  • Ahora, pulse el botón Load y visualice todos los códigos del genoma. Aquí, también dispone de herramientas como el zoom in/out justo encima del visor de códigos para ayudarle a analizar mejor los códigos complejos.
  • Por último, puede configurar los tracks reordenándolos. Para personalizar los trazados, puede utilizar las pestañas de anotación y gráfico para cambiar el color, la altura del trazado, la etiqueta de anotación, la cantidad de datos mostrados (altura de la pila) y otras opciones.

Todas las modificaciones realizadas por usted en el código del genoma y sus trazados pueden guardarse como archivos PNG , SVG , y JPEG . En general, es uno de los programas más sencillos para analizar conjuntos de datos genómicos.

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MEGA

MEGA es un software bioinformático gratuito y fácil de usar.
para Windows. Este software se utiliza principalmente para analizar datos de secuencias de proteínas y datos de secuencias de ADN de especies y poblaciones. Usándolo, también puede realizar varios tipos de análisis de secuencias como Interferencia de Filogenia, Selección de Modelos, Fechado y Relojes, Alineamiento de Secuencias, etc. Además, también están disponibles varios importantes métodos estadísticos (método de la distancia, método de máxima verosimilitud, etc.) y potentes herramientas visuales (exploradores de árboles, exploradores de datos, etc.). Todas estas impresionantes herramientas y características le permiten analizar a fondo la secuencia de ADN y Proteínas

de entrada.

En este freeware, puede introducir secuencias de ADN y Proteínas como Archivo de texto (.txt) o como Archivo MEGA (.mga). Después de enviar el archivo, puede ver y analizar los datos utilizando varios menús disponibles. Veamos brevemente cómo funcionan estos menús.

  • TA DATA : Utilizando este menú, puede ver la secuencia de entrada en forma de símbolos como T, L, Q, R, etc. Cada símbolo tiene un significado específico y para resaltar un tipo específico de símbolo, puede utilizar herramientas como C (marcar sitios conservados), V (marcar sitios variables), etc.
  • Models : Es un menú muy importante con el que puede encontrar el mejor modelo de ADN/proteína, estimar la matriz de sustitución, calcular la composición de aminoácidos, calcular el índice de disparidad de patrones, etc.
  • Distance : Se utiliza para averiguar la distancia entre pares de secuencias, la distancia media global, etc.
  • Filogenia : A través de esta pestaña, puede convertir la secuencia de entrada en árbol de máxima verosimilitud, árbol de unión de vecinos, árbol de evolución mínima, etc.
  • Árbol de usuario : Se utiliza para analizar los datos de entrada utilizando diferentes tipos de árboles de usuario como mínimos cuadrados y parsimonia.

Aparte de estas importantes funciones, puede encontrar otros menús adicionales para realizar diversas tareas. Los gráficos resultantes y los informes proporcionados por este software pueden guardarse en formato Newick (.nwk).

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UGENE

UGENE es otro software bioinformático gratuito y de código abierto para Windows. En este software, puede crear , editar , anotar , y analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Además, este software viene con soporte incorporado para varias bases de datos como NCBI , PDB , ENSEMBL , etc., desde donde puede descargar varias secuencias. En este software, también puede encontrar una gran cantidad de herramientas de análisis como el análisis de datos Sanger, análisis de datos NGS, BLAST, alineación de secuencias múltiples, clonación, herramientas HMMER, etc. La mayoría de estas herramientas de análisis funcionan tanto con secuencias locales como con secuencias de bases de datos que puede descargar utilizando la URL.

Cómo analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas con este software:

  • Añada el archivo de secuencia (ACE, BAM, GFF, GTF, MMDB, SAM, Raw sequence, NEXUS, etc.) utilizando su menú Archivo. La secuencia presente en el archivo se abrirá automáticamente en la interfaz principal.
  • En la secuencia disponible, puede observar que este software dibuja automáticamente símbolos similares de diferentes especies en el mismo color. Este esquema de colores es muy útil para identificar los símbolos o códigos de diferentes especies que son iguales. Este esquema de colores también puede modificarse cambiando el tipo de color a Clustal X, Helix Propensity, Strand Propensity, etc.
  • Utilice varias herramientas disponibles como Zoom in/out, alineación, estadísticas, etc. para analizar la secuencia con detenimiento.

Tras el análisis, puede exportar los datos de la secuencia en formato PNG , BMP , JPG , TIFF , y SVG .

UGENE es otro programa de análisis de secuencias.

UGENE es otra buena herramienta bioinformática
software para Windows con una interfaz sencilla.

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Jalview

Jalview es otro software bioinformático gratuito para Windows. Con él podrá ver y editar alineaciones de secuencias, analizar secuencias con gráficos de análisis de componentes principales (ACP) con árboles filogenéticos y explorar estructuras moleculares y anotaciones. Este software también incorpora funciones de análisis y visualización de estructuras y secuencias de ADN, ARN y proteínas. Además, también dispone de algunas herramientas útiles como Jmol para ver estructuras 3D, VARNA para visualizar la estructura secundaria del ARN, etc.

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En este software, puede añadir una secuencia escribiéndola directamente, añadiendo la URL de un archivo de secuencia o enviando un archivo de secuencia en un formato compatible (PFAM, PIR, JSON, BLC, etc.). Tan pronto como introduzca una secuencia, este software abrirá automáticamente una vista de árbol, una vista de estructura 3D y múltiples ventanas de alineación de secuencias para ver, alinear y analizar la secuencia. En este software bioinformático, también puede observar que cada cambio en la alineación de la secuencia afecta directamente a la estructura 3D en tiempo real para ayudarle a analizar rápidamente la secuencia.

Aparte de las principales herramientas de análisis, puede encontrar muchas otras herramientas útiles en este software como color (para cambiar el patrón de color de la secuencia manualmente), Anotaciones (para mostrar u ocultar varias anotaciones útiles de la secuencia), Calcular (para calcular la alineación por pares, auto-calcular el consenso, mostrar las regiones flanqueantes, etc.), y mucho más.

En general, es un software muy completo y fácil de usar.

En general, se trata de un software repleto de funciones con el que podrá analizar y estudiar fácilmente diversas secuencias bioinformáticas de múltiples especies.

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CLC Sequence Viewer

CLC Sequence Viewer es otro software bioinformático gratuito para Windows. A través de este software, puede realizar un gran número de análisis bioinformáticos utilizando varias herramientas incorporadas. Además, dispone de excelentes opciones gráficas de visualización y salida. Este freeware viene con varias características a través de las cuales puede realizar tareas como crear y editar alineaciones, trabajar con análisis interactivos de sitios de restricción, filogenética, traducción avanzada de ADN a proteínas, etc. Además, también puede utilizar las opciones de búsqueda integradas de GenBank y muchas otras funciones para buscar y analizar el conjunto correcto de secuencias.

En este software, puede introducir secuencias de ADN , secuencias de ARN , o secuencias de proteínas ya sea buscando directamente en la base de datos NCBI o utilizando archivos de secuencias locales de varios formatos (zip, .gz, .clc, .cm5, etc.). Los datos de la secuencia importada pueden ser visualizados , editados , y analizados desde la interfaz. También puede analizar varias secuencias a la vez utilizando la interfaz multipestaña. En la parte derecha de la interfaz, hay disponibles varios ajustes prácticos de la secuencia, ajustes de anotación, ajustes de color de los residuos, etc. para realizar modificaciones en la secuencia.

Después de anotar la secuencia, puede guardar la secuencia modificada en varios formatos como PDF , GeneBank (gb), ZIP , Excel (xls), HTML , etc.

En general, es un software bastante sencillo para ver, editar y analizar secuencias de genes.


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Genbeans

Genbeans es un software bioinformático independiente y gratuito para Windows. Se trata de una plataforma altamente integrada para bioinformática. El programa se centra en la biología molecular y proporciona una experiencia de trabajo sin fisuras a los investigadores. Además, viene con una caja de herramientas totalmente integrada con una interfaz rica, fácil de usar y gráfica para analizar y visualizar secuencias.

En este software, puede abrir un archivo de secuencia de texto, PDB y otro formato de secuencia compatible. No sólo uno, sino múltiples archivos de secuencia también se pueden ver en ella debido a su interfaz de pestañas múltiples. Los datos de secuencia de todos los archivos pueden ser vistos en su ventana de edición . Ahora para analizar los datos, puede usar la pestaña de Análisis . A través de esta pestaña, puede listar Ácidos Nucleicos (complemento inverso, inverso, secuencias crudas, etc.), analizar ORF's (Listar y MAPA ORF's), hacer Análisis de Restricción (todos los sitios, sitios únicos, sitios ausentes, etc.), y más. El resultado de todos los análisis puede verse en la sección Output .

Además del análisis de secuencias, también se pueden realizar modificaciones en el archivo de secuencias cambiando la secuencia manualmente. Tras el análisis y la modificación, guarde todos los archivos de secuencia editados y analizados como archivos de texto o en sus formatos de archivo nativos.

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