10 Mejores Programas Gratuitos De Visualización De Árboles Filogenéticos Para Windows

He aquí una lista de Los mejores programas gratuitos de visualización de árboles filogenéticos para Windows Con estos programas podrá ver, analizar y modificar los árboles filogenéticos de diferentes especies. Analizando los árboles evolutivos de diferentes especies, puede comprender el proceso de evolución que tuvo lugar

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Si hablo de los formatos soportados, estos software soportan múltiples formatos de árboles filogenéticos. Algunos de estos formatos incluyen NEXUS, Phylip, Dendro, Text, NeXML, y muchos más. Después de abrir un árbol filogenético, puede verlo en varios diseños. Algunos de estos diseños son Equal Angle Tree, Average Consensus, Balanced Confidence Network, Rectangular Cladogram, Slanted Cladogram, Circular Phylogram, etc.

Algunos de estos programas ofrecen la posibilidad de visualizar el árbol filogenético en varios formatos.

Algunos de estos programas disponen de una Lupa. Mueva esta lupa sobre el árbol para ver la vista ampliada de esa región. Además, algunos programas incluyen la función Buscar y reemplazar. Esta función le permite buscar un texto en el árbol y sustituirlo por otro.

Puede guardar el árbol modificado en los formatos admitidos por estos programas o exportarlo en diferentes formatos de imagen. Estos formatos de imagen incluyen BMP, GIF, JPEG, PNG, etc. Uno de estos programas también le permite exportar las partes seleccionadas del árbol, como Taxones, Conjuntos, Divisiones, Redes, etc.

Mi software de visualización de árboles filogenéticos favorito:

TreeView es mi software de visualización de árboles filogenéticos favorito. No sólo le permite ver un árbol filogenético, sino que también le permite crear un árbol filogenético por su cuenta. Además, admite múltiples formatos de entrada, como archivos NEXUS, archivos PHYLIP, archivos de texto, etc. Además, también puede guardar el árbol como un gráfico en formato EMF o WMF.

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TreeView

TreeView es un software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. En este software, puede abrir y editar los árboles evolutivos de diferentes especies. Por lo tanto, mediante el análisis de los árboles evolutivos, se puede estudiar cómo el proceso de la evolución ha tenido lugar en diferentes especies. Abre cada árbol filogenético en una nueva ventana que le permite analizar y editar múltiples árboles evolutivos sin cerrar ninguna de ellas.

TreeView no es sólo un visor de árboles filogenéticos, sino también un software de creación de árboles filogenéticos.

Los pasos para crear un árbol filogenético desde cero son los siguientes:

Para crear un árbol filogenético, primero hay que crear un archivo de texto que contenga una lista de nombres de todas las especies. Los nombres pueden ser nombres biológicos o nombres comunes. Para ello puede utilizar Wordpad, Notepad, Notepad++ o cualquier otro programa. Todos los nombres deben escribirse de forma que una fila contenga un solo nombre. Después de crear la lista, guárdela en formato TXT. Ahora, inicie el TreeView y vaya a Archivo > Importar > Lista de nombres de taxones y seleccione el archivo de texto que ha creado y haga clic en el botón Abrir. Después de abrir el archivo, verá que todos los nombres de las especies están conectados a un único nodo con ramas separadas. Ahora, vaya a Editar > Editar árbol para corregir el árbol filogenético uniendo diferentes ramas. En la barra de herramientas hay múltiples herramientas para editar un árbol evolutivo. Entre ellas se incluyen Mover rama, Contraer rama, Contraer clado, Reiniciar árbol, Rotar descendientes, Intercambiar descendientes, etc. También se proporciona una herramienta de Texto para escribir un texto en diferentes nodos del árbol. Una vez finalizada la edición, guárdela desde el menú Archivo.

Vea la captura de pantalla anterior en la que he intentado crear un árbol evolutivo del Mamut.

Cuatro opciones de visualización diferentes están disponibles en el software, a saber, Unrooted, Slanted Cladogram, Rectangular Cladogram, y Phylogram.

Características generales de este software gratuito de creación de cladogramas:

• Soporta múltiples formatos: Archivos NEXUS (,tre, .trees), Archivos PHYLIP (.phy), CLUSTAL W (.dnd, .ph, .phb), Henning86 (.hng), y Archivos de texto (.txt).
• Usted
  puede cambiar el tamaño y el estilo de la fuente.
• Le permite copiar el árbol evolutivo simplemente pulsando la tecla Ctrl+C .
• El programa también dispone de opciones de impresión y de vista previa de impresión.
• También puede guardar el árbol como un gráfico en formatos EMF y WMF.

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Unipro UGENE

Unipro UGENE es un software de visualización de árboles filogenéticos con múltiples funciones. No es sólo un software de visualización de árboles filogenéticos, sino también un DNA sequence analyzer plus creator y un workflow creator software .

Como es un software multipropósito, soporta múltiples formatos de archivo. Unipro UGENE admite más de 30 formatos de archivo. Algunos de ellos son NEXUS, Newick standard, PHYLIP interleaved, PHYLIP Sequential, Plain text, Position frequency matrix, UGENE database, Vector NTI, pDRAW, GFF, GTF, BAM, FASTA, FASTQ, GenBank, MSF, Mega, etc.

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Viene con tres tipos de diseños de árbol: filograma/cladograma rectangular, filograma/cladograma circular y filograma/cladograma sin raíz. Puede acercar o alejar el árbol utilizando la rueda de desplazamiento del ratón. En la configuración de las ramas, puede cambiar el color de las ramas, la anchura del árbol y la altura del árbol. Además, también se puede cambiar el color, la fuente y el estilo del texto. También se muestra la longitud/distancia de cada rama. Puede seleccionar si desea mostrar u ocultar los nombres de las especies y las distancias de las ramas.

Captura de pantalla : Puede capturar la pantalla en varios formatos, como PNG, BMP, JPG, PDF, TIFF, SVG, etc. También está disponible la opción de captura del árbol completo, pero ésta sólo puede guardar el árbol en formato SVG.

Puede guardar y exportar el proyecto en su propio formato compatible. Además, también puede imprimir el árbol.

Unipro UGENE es un software de visualización de árboles filogenéticos gratuito y de código abierto.

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SplitsTree4

SplitsTree4 es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Permite ver, modificar y analizar los árboles evolutivos en múltiples formatos. Estos formatos incluyen archivos FastA (.fa, .fasta), archivos Clustal Alignment (.aln), archivos Phylip Sequences Distance Matrix (.dist, .dst), archivos MrBayes Partition (.parts), archivos Newick Tree (.new, .tre, .tree), archivos Nexus (.nxs, .nex, .nexus), archivos Reticulate Network (.rnet), archivos Single line sequences (.txt), etc.

El diagrama de árbol filogenético/red de árbol filogenético puede mostrarse en ocho métodos de división diferentes, a saber, Red de clústeres, Casco convexo, Ángulo igual, Red de hibridación, Sin gráfico, Filograma, Red reticulada, y Ángulo igual enraizado Por defecto, el diagrama se muestra en el método de árbol dividido en Ángulo igual. Para cambiarlo, vaya al menú Dibujar > Seleccionar árboles y haga clic en la pestaña Divisiones. Allí verá un menú desplegable desde el que podrá seleccionar el método de transformación de las divisiones. Después de seleccionar el tipo de división, haga clic en el botón Aplicar. También puede modificar cada uno de estos métodos de división de árboles cambiando sus propiedades, como el porcentaje de desplazamiento, el máximo de reticulaciones por maraña, la disposición, el ángulo máximo, el grupo exterior, etc. Tenga en cuenta que cada una de estas propiedades mencionadas no es aplicable a todas las transformaciones de división.
métodos de transformación.

Aparte del método de transformación de divisiones, también hay disponibles múltiples tipos de redes para los diagramas de árboles filogenéticos. Algunos de ellos son Árbol de ángulo igual, Consenso medio, Red de confianza equilibrada, Red de consenso, Árbol de consenso, Superred filtrada, etc. Basta con ir a Dibujo > Seleccionar árboles y hacer clic en la pestaña Método de la segunda fila de la ventana que se abre.

En el panel izquierdo del programa, puede ver fácilmente el número de taxones, el número de divisiones, el número de redes, etc. de un árbol. Expándalos para ver más detalles.

Algunas características útiles de SplitsTree4:

• Lupa : Esta característica está disponible en el menú Ver. Al activar esta función, aparece una lupa en la interfaz. Mueva esta lupa a las diferentes regiones de un árbol para ver la vista ampliada de esa región. Haga clic en la captura de pantalla anterior para ver el aspecto de la lupa.
• Filtrar taxones : Vaya a Datos > Filtrar taxones y seleccione los taxones que desea ocultar del árbol filogenético.
• Editar rasgos : Esta opción está disponible en el menú Datos. Puede añadir nuevos rasgos o eliminar los existentes.
• Buscar y reemplazar : Con la ayuda de esta función, puede encontrar un texto en el árbol y reemplazarlo por cualquier otro texto. Puede distinguir entre mayúsculas y minúsculas, palabras enteras y expresiones regulares.

Puede guardar el árbol filogenético modificado en su propio formato. Además, también se proporciona la función de exportación a imagen. Puede exportar el árbol en formatos EPS, GIF, JPEG, PNG, BMP, PDF y SVG. Además, también puede exportar las partes seleccionadas del árbol, como Taxones, Conjuntos, Divisiones, Redes, etc.

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Dendroscope

Dendroscope es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Soporta los siguientes formatos de árbol: Dendro (.dendro), Nexus (.nexus), Newik (.newick), NeXML (.nexml) y Text (.txt).

Dendroscope viene con algunos árboles evolutivos de ejemplo, que puede ver y analizar. Estos archivos de ejemplo incluyen peces, hierbas y ninfóideos. También puede modificar el tipo de disposición de un árbol filogenético. En comparación con otros programas de visualización de árboles filogenéticos de esta lista, éste presenta un buen número de diseños de árbol. Estos incluyen Filograma rectangular, Cladograma rectangular, Cladograma inclinado, Filograma circular, Cladograma circular, Cladograma circular interno, Filograma radial y Cladograma radial. Todos estos diseños están disponibles en el menú Diseño y en la barra de herramientas del programa. Además, también puede alinear toda la red a la izquierda, a la derecha y en orden aleatorio. En cuanto al diseño de la red, se ofrecen tres tipos de algoritmos: 2008, 2009 y 2010.

Características básicas de este software gratuito de análisis de árboles filogenéticos:

• Se puede copiar el árbol en el portapapeles.
• Al mover la Lupa sobre una zona concreta del árbol, el software muestra la vista ampliada de esa región.
• La opción Buscar y reemplazar también está disponible en el software, para que pueda encontrar un nombre concreto en el árbol y reemplazarlo por otro texto. Se ofrecen los siguientes tipos de opciones de búsqueda: distingue entre mayúsculas y minúsculas, sólo palabras completas y expresión regular.
• Puede guardar el árbol evolutivo modificado en cualquiera de los formatos de árbol mencionados anteriormente.
• También le permite imprimir el cladograma.
• También puede exportar el árbol filogenético en algunos formatos de imagen populares, como BMP, GIF, JPEG, PNG, etc. Además, también puede exportar el árbol a PDF.

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FigTree

FigTree es una aplicación basada en JAVA para visualizar árboles filogenéticos. No se menciona el número de formatos soportados por el software. Probé el formato .tree y se abrió en el software. Puede analizar múltiples árboles simultáneamente en este software, ya que abre cada nuevo árbol en una nueva ventana.

Disposición del árbol filogenético : El programa dispone de tres tipos de disposiciones: disposición rectangular del árbol, disposición polar del árbol y disposición radial del árbol. Todas estas disposiciones son accesibles en el panel izquierdo del programa. La vista de cada una de estas disposiciones puede variarse cambiando sus propiedades. Estas propiedades incluyen Expansión, Ojo de Pez, Longitud de Raíz, Curvatura, etc. Encontrará diferentes propiedades disponibles para los distintos diseños.

En la sección Apariencia, puede cambiar algunos factores generales del árbol filogenético como el ancho de línea, los colores de fondo, etc. Además de esto, también puede resaltar diferentes regiones del árbol y los nombres de las diferentes especies con diferentes colores.

Anotar es una útil característica de FigTree. Con esta función, puede cambiar cualquiera de los nombres del árbol. Simplemente seleccione el nombre que desea cambiar y haga clic en el botón Anotar de la barra de herramientas y sustitúyalo por otro nombre. También puede importar las anotaciones en el programa, pero no se menciona el formato de entrada para este fin.

Utilizando la opción Buscar , puede buscar lo siguiente: Etiqueta Texon, Longitud de Rama, Edad de Nodo, Nombre, Altura, Cualquier Anotación, etc. Si lo desea, puede realizar búsquedas distinguiendo entre mayúsculas y minúsculas. Aparte de esto, también están disponibles algunos filtros como contiene, empieza por, termina por, expresión regular, etc.

Puede exportar el árbol filogenético en formato PDF, SVG, PNG y JPEG.

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BayesTrees

BayesTrees es un software muy sencillo de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Puede abrir un árbol filogenético en este software con cualquiera de los siguientes formatos: Nexus Trees y Bayes Trees. Viene con algunos árboles filogenéticos de ejemplo que puede ver en este software y analizar.

Estilo de Árbol Filogenético : Presenta 6 estilos de árbol diferentes, a saber, Normal, Arco, Curvo, Caído, Globos e Inclinado. Todos estos estilos de árbol están disponibles en un cuadro desplegable en el menú de la barra de herramientas.

También puede escalonar el árbol hacia cualquiera de las direcciones izquierda o derecha.

El árbol modificado puede guardarse en los siguientes formatos: Árboles de Nexus, Árboles de Bayes, Phylip Estricto y Phylip Relajado. Además, también puede guardar el árbol en formatos de imagen PNG, BMP, JPG, TIFF, GIF, EMF, etc.

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TreeGraph 2

TreeGraph 2 es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows que permite ver y editar los árboles filogenéticos. Soporta varios formatos, incluyendo TreeGraph 2 XML, PhyloXML, NeXML, Nexus File y Newick.

Puede editar el árbol aplicando diferentes cambios. Algunos de ellos se indican a continuación:

• Puede añadir diferentes colores a distintas ramas o colorear todo el árbol con un solo color. La opción de colorear está disponible en el Formato
  en el menú Formato.
• También puede establecer los valores de distancia mínima y máxima seleccionando diferentes datos de nodos/ramas. Por ejemplo, anchura de las líneas de las ramas, longitud mínima de las ramas, espacio mínimo por encima de las ramas, anchura de las líneas de los nodos, radio de las esquinas de los nodos, margen de las hojas (izquierda, derecha, superior e inferior), etc. Los valores de distancia sólo pueden establecerse en milímetros.
• Este programa gratuito ofrece dos tipos de vista: cladograma rectangular y filograma/cladograma.
• Puede eliminar los taxones existentes o añadir nuevos taxones al árbol.
• También dispone de una opción de búsqueda. Utilizando esta función, puede buscar el nombre de cualquier especie en el árbol. También puede aplicar los siguientes filtros a la búsqueda: distingue entre mayúsculas y minúsculas, sólo palabras e incluye nombres de nodos internos.

Después de editar el gráfico, puede guardarlo en formato TreeGraph XML o exportarlo en formato PDF, archivo Nexus y archivo Newick.

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MultiDendrograms

MultiDendrograms es el siguiente software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Viene con algunos archivos de ejemplo precargados. Puede abrirlos y analizarlos. Para abrir un archivo en el software, haga clic en el botón CARGAR. Los archivos de ejemplo están en formato TXT, lo que significa que es compatible con los archivos en formato TXT. Pero este no es el caso, cuando intenté abrir otros archivos TXT en el software, muestra un mensaje de error.

Después de abrir un árbol filogenético, se puede cambiar la orientación del árbol en cualquiera de las cuatro direcciones (Este, Oeste, Norte y Sur), cambiar la vista del árbol seleccionando cualquiera de los algoritmos de agrupamiento (enlace versátil, enlace simple, enlace completo, enlace geométrico, centroide, etc.), variar el tamaño de los nodos, mostrar/ocultar etiquetas, etc. No dispone de ninguna opción de actualización automática. Por lo tanto, tiene que hacer clic en el botón Actualizar después de cualquier cambio que realice.

Guardar : Puede guardar el árbol filogenético en formato TXT, árbol Newick, árbol JSON, PNG, JPG y EPS.

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T-REX

T-REX es otro software gratuito para visualizar árboles filogenéticos. Es compatible con los formatos de archivo Newick tree y T-Rex (.tre). Tiene varios archivos de muestra de árboles filogenéticos. Puede abrirlos en el programa y analizarlos.

En cuanto al estilo del árbol, hay cuatro tipos disponibles: Jerárquico Vertical, Jerárquico Horizontal, Axial y Radial. Estos estilos de árbol están disponibles en el menú Edición > Redibujar el mapa.

También puede cambiar el color de los nombres de las especies y de las ramas del árbol.

El árbol abierto se puede guardar en formato Newick o en su propio formato T-REX (.tre). Además, también puede obtener una impresión del árbol.

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Treefinder

Treefinder es otro programa gratuito de visualización de árboles filogenéticos. Los formatos soportados por este software no se mencionan, pero he probado los formatos Tree y TXT y ambos formatos son soportados por él.

Pasos para abrir un árbol filogenético en Treefinder es diferente de otros software de visualización de árboles filogenéticos en esta lista. Vaya a Archivo > Abrir Imagen y seleccione el formato de archivo soportado. El árbol filogenético se abrirá como una imagen. Dado que el árbol filogenético se abre como una imagen, no puede modificar el árbol. Pero puede cambiar el estilo del árbol. Para ello, cambie la opción
puede hacerse cambiando la topología del árbol filogenético. Varias topologías incluyen Midroot, Reroot, Swap, Collapse, etc. Encontrará estas topologías en la opción Redibujar del menú Ver.

Le permite exportar el árbol en diferentes formatos que incluyen TL Tree List, PHYLIP, Newick, NEXUS, etc.

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