10 Programas Gratuitos De Visualización De Archivos Sdf para PC

He aquí una lista de 10 programas gratuitos de visualización de archivos SDF para Windows . SDF es Structural Data File (archivo de datos estructurales) y no debe confundirse con Spatial Data File (AutoDesk). Un archivo SDF molecular contiene datos sobre su disposición estructural, átomos, residuos, conectividad de enlaces y mucho más. Si está buscando visualizadores de SDF, puede consultar esta lista. Encontrará las principales características de cada software junto con una breve descripción. De este modo, podrá elegir fácilmente el software que mejor se adapte a sus necesidades.

La mayoría de estos programas son de código abierto y están disponibles para varias plataformas. Cualquiera de los diez programas puede abrir fácilmente un archivo SDF y visualizar los datos de la estructura molecular. Algunos programas ofrecen visualización bidimensional y otros también visualización tridimensional. Puede abrir múltiples moléculas para analizar la estructura y encontrar errores estructurales. También puede visualizar las superficies orbitales y de densidad de las moléculas.

Algunos programas tienen muchas más funciones aparte del visor SDF. Puede abrir varios tipos de archivos y archivos de datos de otros programas de química computacional. Por último, pero no menos importante, puede exportar la visualización a varios formatos incluyendo PDF, PNG, JPG, POV-ray, WRL, OBJ, etc.

Mi visualizador SDF favorito

Jmol es mi visualizador de archivos SDF favorito. Es de código abierto y está disponible para Windows, macOS y Linux. Este software tiene una interfaz fácil de navegar donde se pueden visualizar las estructuras 2D y 3D de las moléculas. Puede visualizar más de 60 formatos de archivo, incluido el soporte para varios archivos de datos de software de química cuántica. Por último, pero no menos importante, le permite exportar la visualización a muchos formatos diferentes, incluyendo JPG, GIF, PDF, POV-ray, etc.

También puede consultar las listas de los mejores programas gratuitos PES File Viewer , GDS File Viewer , y DST File Viewer para Windows.

Jmol

Jmol es un programa de visualización de moléculas de código abierto. Puede visualizar estructuras químicas en 3D. Este programa puede ejecutarse en cuatro modos diferentes: programa Java independiente, aplicación web HTML-5, applet Java y componente "headless" del lado del servidor. Este programa puede leer varios tipos de archivos y también puede abrir la salida de QuantumEspresso, Gaussian, MOPAC, GAMESS, CASTEP, CRYSTAL, VMD, y muchos otros programas populares.

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Características principales:

• Funciona en 4 modos diferentes
• Soporte multilingüe
• Visualiza estructuras de moléculas y materiales
• Soporta más de 60 formatos de archivo incluyendo PDB, PyMOL, SDF, MOL, CIF, SDF, MOL, PSE, etc.
• Soporta tipos de archivos de varios software de química cuántica
• Abre y compara múltiples archivos
• Capacidad completa de simetría cristalográfica
• Exporta a formatos PDF, GIF, PNG, JPG, WRL, POV-Ray, y OBJ
• Interfaz de usuario personalizable y mucho más

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IQmol

IQmol es un programa gratuito de código abierto para la edición y visualización de moléculas. Este programa puede abrir fácilmente archivos SDF y de muchos otros tipos. Viene con un editor molecular que también puede generar superficies orbitales y de densidad con animación. IQmol está integrado con el paquete de química cuántica Q-Chem. Esto ofrece a los usuarios un entorno intuitivo para configurar, ejecutar y analizar cálculos Q-Chem.

Características principales:

• Código abierto y multiplataforma
• Soporte multilingüe
• Dibujo y visualización de estructuras de moléculas y materiales
• Generador de formas libres con mecánica molecular integrada
• Soporta varios formatos de archivos de química computacional
• Vista jerárquica de modelos
• Visualización de orbitales moleculares y densidades
• 4 vistas de modelos, incluyendo tubos, wireframes, VDW y CPK
• OpenBabel
  Soporte de bibliotecas
• Generación de archivos de vídeo de animación de moléculas
• Exportación a Exportación de espectros y POV-ray

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Avogadro

Avogadro es otro programa gratuito multiplataforma de edición y visualización de moléculas. Está disponible para Windows, macOS y Linux. Este programa se utiliza en química computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales y áreas relacionadas. Avogadro puede abrir fácilmente archivos SDF con renders de alta calidad.

Características principales:

• Código abierto y multiplataforma
• Compatibilidad con varios idiomas
• Multi- lenguajes
• Dibuja estructuras de moléculas y materiales
• Soporta varios formatos de archivos de química computacional
• Importación de archivos químicos con Open Babel
• Generación de entradas para múltiples paquetes de química computacional
• Extensiones para funcionalidad adicional

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Molekel

Molekel es un programa gratuito de visualización de moléculas que puede ver archivos SDF. Se trata de un programa de código abierto disponible para Windows, macOS y Linux. Utiliza diferentes métodos para representar rápidamente las estructuras de las moléculas y visualiza las superficies orbitales, las superficies SAS, las superficies SES, las superficies de Van der Waals, las isosuperficies a partir de matrices de densidad y las isosuperficies a partir de datos de cuadrículas de cubos de Gauss.

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Características principales:

• Código abierto y multiplataforma
• Soporte multilingüe
• Visualización de estructuras de moléculas y materiales
• Soporte de varios formatos de archivos de química computacional
• Animación de superficies moleculares
• Animación de modos vibracionales
• Sombreadores programables
• Exportación a imagen de alta resolución, PDF, PostScript y animación

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Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer es un programa gratuito multiplataforma que puede visualizar archivos SDF. También se le conoce como DeepView . Este programa puede visualizar y analizar múltiples proteínas al mismo tiempo. Puede superponer moléculas para comparar y deducir sus alineaciones estructurales. Puede comparar modelos para encontrar errores de modelo, calcular superficies, potenciales electrostáticos, examinar mapas de densidad electrónica, y mucho más.

Características principales:

• Multiplataforma
• Soporte multilingüe
• Visualiza estructuras de moléculas y materiales
• Soporta varios formatos de archivos de química computacional
• Colorea superficies mediante átomos o cavidades
• Exporta a POV- ray
• Amplia integración con servidores web

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Molegro Molecular Viewer

Molegro Molecular Viewer es un software gratuito
un software gratuito para visualizar moléculas y resultados de Molegro Virtual Docker. Este software está disponible sólo para Windows. Puede preparar automáticamente las moléculas y visualizar las superficies de la molécula y la columna vertebral. Puede recortar las moléculas y recortar los planos. Este software soporta archivos MVDML de Molegro Virtual Docker y alinea la estructura de la proteína.

Características principales:

• Visualiza y comparte estructuras moleculares y materiales
• Soporta múltiples idiomas
• Importa y exporta formatos de archivos moleculares comunes como PDB, SDF, Mol2, etc.
• Soporta archivos Molegro Virtual Docker MVDML
• Raytracer integrado para imágenes de alta calidad
• Etiquetas, visor de secuencias
• Generador de biomoléculas
• Soporte para flujos de trabajo KNIME

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CueMol

CueMol es otro programa multiplataforma para visualizar archivos SDF. Este programa está disponible para macOS y Linux, así como para Windows. Es bueno para la visualización de estructuras macromoleculares y también puede crear estructuras moleculares. CueMol puede abrir fácilmente coordenadas moleculares (formato PDB), datos de superficie MSMS, mapa de potencial electrostático APBS (formato OpenDX) y densidad de electrones (formatos CCP4, CNS y MTZ).

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Características principales:

• Multiplataforma
• Vistas moleculares basadas en pestañas
• Visualización de la molécula con renderizado de bordes
• Soporte para escenas multimoleculares
• Soporta varios formatos incluyendo PDB, MSMS, OpenDX, X-PLOR/CNS, MAP, etc.
• Almacena y restaura escenas en formato XML
• Anima movimiento de cámara y morphing de estructura
• Exporta a POV-ray y creación de películas

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iMol

iMol es otro programa gratuito de visualización de moléculas de código abierto. Está disponible para Windows y Linux. Puede visualizar archivos de datos estructurales de química computacional comunes, incluido el formato MDL MOL. Puede abrir múltiples estructuras moleculares al mismo tiempo con múltiples estilos de renderizado y también puede animar las trayectorias de dinámica molecular y trayectorias de dinámica molecular, residuos y átomos.

Características principales:

• Código abierto
• Soporte multilenguaje
• Vista jerárquica de moléculas
• Renderizado estereoscópico
• Animación de átomos moleculares, trayectorias dinámicas
• Coloreado de superficies y columnas vertebrales
• Exportación a POV-ray

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BALLView

BALLView es un programa independiente ofrecido por BALL Project. Este programa está diseñado para facilitar el modelado y la visualización molecular. Puede visualizar fácilmente átomos, enlaces y superficies. Además, también admite visualizaciones basadas en cuadrículas, como los potenciales electrostáticos. Puede abrir múltiples moléculas simultáneamente.

Características principales:

• Soporte multilingüe
• Visualización de estructuras de moléculas y materiales
• Soporta los formatos de archivo de química computacional más comunes
• Diferentes modos estéreo con navegador espacial
• Dispositivos de entrada compatibles con VRPN

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SDFReader

SDFReader es un programa gratuito para visualizar Archivos de Datos Estructurados. Se trata de un programa de código abierto disponible para Windows y Linux. Es un programa sencillo con una interfaz mínima. Los usuarios pueden abrir directamente el archivo SDF para visualizarlo. Este programa muestra entonces la estructura de la molécula junto con los datos adicionales almacenados en el archivo SDF.

Características principales:

• Código abierto
• Soporte multilenguaje
• Visualización de estructuras de moléculas y materiales
• Datos Sve en formato de base de datos sqlite3

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