6 Mejores Sitios Web Gratuitos Para Ver La Estructura De Las Proteínas En 3D

Aquí hay una lista de los mejores sitios web gratuitos de visores de estructuras de proteínas en 3D Cualquier visor de estructuras de moléculas en línea puede utilizarse para ver la estructura 3D de la proteína. Un visor de moléculas en línea toma un archivo de datos de la molécula como entrada y luego representa la estructura basada en los datos. Lo mismo puede hacerse para varios tipos de archivos, incluyendo PDB, mmCIF, MRC, BRIX, CUB, etc.

Este post cubre 6 visores de estructuras de moléculas online y gratuitos que puedes utilizar para ver la estructura de las proteínas en 3D. Todos estos visores son compatibles con varios archivos de datos de moléculas y representan las respectivas estructuras en 3D. Las estructuras son interactivas y puedes rotarlas, ampliarlas, desplazarlas y recortarlas como quieras. Estos visores también incluyen características que le permiten analizar la estructura de cerca. Esto incluye opciones de visualización y color de la molécula y otras personalizaciones basadas en el usuario. Te recomiendo que revises la lista para comprobarlos con más detalle.

Mi visor de estructuras de proteínas en 3D favorito

Mol* Viewer es mi visor de estructuras de proteínas en 3D favorito de esta lista. Este visor tiene una gran variedad de opciones que van desde la apariencia de la molécula, la personalización, la medición, el análisis y la exportación.

También puede consultar nuestras listas de los mejores sitios web gratuitos de Visor de GEDCOM en línea , Software de visualización de moléculas para Windows , y Software de análisis estructural de código abierto para Windows .

Molstar.org (Mol* Viewer)

Mol* Viewer es uno de los mejores visualizadores de estructuras moleculares en línea y gratuitos. Es un moderno conjunto de herramientas de código abierto basado en la web para la visualización y el análisis de datos moleculares a gran escala. Puedes subir cualquier archivo de estructura de molécula e interactuar con él. De hecho, puede abrir varios archivos en el mismo plano y verlos todos juntos. El visor es totalmente interactivo y permite girar, desplazar, ampliar y recortar la estructura. También puede animar la estructura con 7 opciones de animación. Este visor muestra una vista de árbol de los componentes de la estructura. Esto le permite navegar fácilmente por la estructura y analizar las diferentes secciones. Tienes la opción de personalizar la vista de cada componente donde puedes personalizar los estilos y actualizar el modelo. También puede ocultar/desocultar componentes a voluntad.

Hay secciones dedicadas a los Componentes y a las Medidas. Ambas secciones enumeran los respectivos enteros con opciones para actualizar los componentes y añadir nuevas medidas. Por último, pero no por ello menos importante, incluye varias opciones de exportación. Puede exportar los modelos y la geometría de la estructura a los formatos de archivo correspondientes. Y si decides animar la estructura, también puedes exportar esa animación como un archivo de vídeo MP4.

¿Cómo abrir la estructura de la proteína 3D en Mol* Viewer?

• Abra el Mol* Viewer utilizando el enlace que se indica a continuación.
• Haga clic en la sección Home de la esquina superior izquierda de la pantalla.
• Haga clic en la opción Open Files y elija Select files...
• Seleccione el archivo de estructura de la molécula que desea abrir y luego haga clic en el botón Apply .
• Esto abre el archivo en el visor donde se puede interactuar con la estructura 3D.

Aspectos destacados:

• Visor interactivo : Permite girar, desplazar, ampliar, enfocar el zoom y recortar la estructura 3D.
• Vista de árbol : Organiza varios tipos de componentes en una vista de árbol.
• Registro de actividades : Registra cada interacción con la estructura con marcas de tiempo.
• Personalización de la vista : Ofrece múltiples estilos visuales con las opciones de actualizar el modelo molecular y aplicar diferentes acciones como Representación 3D, Caja delimitadora, Transformación de la conformación, etc.
• Captura de pantalla : Opción de captura de pantalla con 1 clic del estado actual de la estructura.
• Modos de cámara : Cambia entre la vista en perspectiva y la vista ortográfica.
• Componentes : Visualiza/añade los distintos tipos de componentes de la estructura.
• Mediciones : Visualiza/añade los parámetros de medición de los distintos componentes de la estructura.
• Opciones de animación: Animar trayectoria,
  Giro de Cámara, Roca de Cámara, Instantáneas de Estado, Ensamblaje de Desenrollado, y Estructura de Giro.
• Opciones de Exportación : Exportar Modelos (mmCIF), Exportar Geometría (glb, stl, obj, usdz), y Exportar Animación (MP4).

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RCSB.com (3D View)

RCSB's 3D View es un visor de moléculas gratuito que se puede utilizar para ver estructuras de proteínas en 3D. Este visor de moléculas es muy similar al Mol* Viewer cubierto. Hace casi todo lo que se puede hacer con ese visor. Puede abrir múltiples archivos de moléculas juntos y te permite interactuar con la estructura. Tienes todas las opciones para personalizar la apariencia, ver las dimensiones y los componentes de la estructura. Incluso imita las mismas opciones de exportación también. La única diferencia es que no crea una vista de árbol de la estructura.

¿Cómo abrir la estructura de la proteína en 3D en la Vista 3D de RCSB?

• Vaya a la Vista 3D de RCSB utilizando el enlace que se indica a continuación.
• Haga clic en la sección Importar de la esquina superior izquierda de la pantalla.
• Haga clic en la opción Abrir archivos y elija Seleccionar archivos...
• Seleccione el archivo de estructura de molécula que desea abrir y luego haga clic en el botón Aplicar para ver la estructura 3D.

Aspectos destacados:

• Visor interactivo : Permite rotar, desplazarse, hacer zoom, enfocar el zoom y recortar la estructura 3D.
• Registrador de actividad : Registra cada interacción con la estructura con marcas de tiempo.
• Personalizar la vista : Ofrece múltiples estilos visuales con las opciones de actualizar el modelo molecular y aplicar diferentes acciones como Representación 3D, Bounding Box, Transformar la conformación, etc.
• Instantánea : Opción de captura de pantalla del estado actual de la estructura con un solo clic.
• Modos de cámara : Cambia entre la vista en perspectiva y la vista ortográfica.
• Componentes : Visualiza/añade los distintos tipos de componentes de la estructura.
• Mediciones : Visualiza/añade parámetros de medición de varios componentes de la estructura.
• Opciones de animación: Animar trayectoria, giro de cámara, roca de cámara, instantáneas de estado, desenrollar montaje y girar estructura.
• Opciones de exportación : Exportar modelos (mmCIF), exportar geometría (glb, stl, obj, usdz) y exportar animación (MP4).

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iCn3D Structure Viewer

iCn3D Structure Viewer es otro visor repleto de funciones para abrir y analizar estructuras moleculares 3D en línea. Este visor cuenta con una amplia colección de funciones y mantiene una interfaz de usuario sencilla y ordenada. La colección consiste en varias características de análisis, incluyendo la secuenciación, anotaciones, interacciones, distancia, enlace químico, simetría, y más. Aparte de eso, también incluye opciones de estilo y coloración para personalizar la apariencia según su gusto. Este es un buen visor de moléculas en 3D no sólo para ver sino también para analizar las estructuras de las moléculas.

¿Cómo abrir la estructura de la proteína 3D en iCn3D Structure Viewer?

• Vaya al iCn3D Structure Viewer usando el enlace que se da a continuación.
• Haga clic en la opción File de la cinta superior y seleccione la opción Open Files .
• A continuación, cargue el archivo que desea abrir y haga clic en el botón Append para ver el archivo.

Aspectos destacados:

• Visor interactivo : Permite girar, desplazar, ampliar y enfocar la estructura 3D.
• Opciones de apariencia de la molécula : Una amplia gama de opciones para cambiar el estilo y el color
  el estilo y el color de varios componentes.
• Análisis : Ofrece varias opciones de análisis para analizar varios aspectos de la estructura.
• Instantánea : Opción de captura de pantalla con un clic del estado actual de la estructura.
• Opciones de exportación : Exportación de la estructura de la molécula (png, pdb, etc).

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Jena 3D Viewer

Jena 3D Viewer es un visor de moléculas en 3D en línea. Puede utilizar este visor para abrir estructuras de proteínas en 3D. El visor cuenta con prácticas funciones para analizar las estructuras de las moléculas. Puede abrir un archivo local o buscarlo en la web a través de una URL. Muestra la estructura 3D en la parte izquierda de la pantalla. Puedes cambiar el tamaño de la ventana de representación e interactuar con la estructura 3D. En el lado derecho, tienes todas las opciones de personalización. Esto incluye la selección de átomos, el renderizado, el coloreado, el estéreo y otras opciones. Puedes configurar fácilmente estas opciones para renderizar la estructura de la manera que quieras. Además, este visor también puede utilizar comandos para realizar acciones específicas. Por ejemplo, puede seleccionar o mostrar/ocultar componentes ejecutando un comando.

¿Cómo abrir la estructura de la proteína en 3D en el Visor 3D de Jena?

• Abra el Visor 3D de Jena utilizando el enlace que se indica a continuación.
• Haga clic en la opción Elegir archivo y cargue su archivo de molécula. O introduzca una URL para importar desde la nube.
• A continuación, seleccione el tipo de visor y haga clic en el botón go para abrir el archivo.

Aspectos destacados:

• Visor interactivo : Permite girar, desplazar, ampliar, enfocar y recortar la estructura 3D.
• Registro de actividades : Registra cada interacción con la estructura con marcas de tiempo.
• Personalización de la vista : Renderizado, coloreado de moléculas, coloreado del fondo y otras opciones.
• Snapshot : Opción de captura de pantalla del estado actual de la estructura con un solo clic.
• Script Support : Utilice comandos para realizar acciones específicas como seleccionar una cadena, un residuo, etc.

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Molsoft.com (PDBV)

Molsoft tiene un Visor Rápido PDB Interactivo . Puede utilizar este visor para abrir estructuras de proteínas en 3D e interactuar con ellas. Se trata de una vista sencilla en la que se puede cargar un archivo de molécula guardado localmente u obtenerlo de su cuenta de Google Drive. Cuando subes el archivo, se muestra la estructura 3D en la pantalla donde puedes interactuar con la estructura. Hay algunas opciones de apariencia de la molécula que puedes personalizar a tu gusto. En general, es una herramienta decente para ver rápidamente archivos de moléculas en línea.

¿Cómo abrir la estructura de una proteína en 3D en el Visor de PDB?

• Vaya al Visor de PDB utilizando el enlace que se indica a continuación.
• Haga clic en el menú hamburguesa de la esquina superior derecha del visor.
• Vaya a la sección Abrir y al archivo que desea ver.

Aspectos destacados:

• Visor interactivo : Permite girar, desplazar, ampliar y enfocar la estructura 3D.
• Opciones de apariencia de la molécula : Múltiples opciones de apariencia para cambiar los estilos de visualización, etiquetas, medidas, etc.
• Opciones de personalización : Permite colorear la estructura por tipo de átomo, cadena, NtoC, estructura secundaria, Bfactor, alineación, etc.
• Instantánea : Opción de captura de pantalla con un clic del estado actual de la estructura.
• Opciones de exportación : Exportación de la estructura de la molécula (formato pdb).
  

  RollMyFile.com

  

  RollMyFile.com es un sitio web gratuito en el que se pueden cargar y abrir varios tipos de formatos de archivo en línea. También admite diferentes tipos de archivos de moléculas. Cuando se abre un archivo de estructura de molécula, se renderiza esa estructura en 3D. La estructura renderizada es interactiva. El visor es bastante sencillo y viene con un montón de opciones de visualización. Estas opciones de visualización le permiten cambiar la apariencia de la estructura de la molécula. A diferencia de otros visores, éste también te permite editar la estructura. Puedes simplemente elegir un elemento y dibujar su molécula en cualquier lugar de la estructura.

  ¿Cómo abrir la estructura de la proteína en 3D en RollMyFile.com?

  • Vaya al sitio web de RollMyFile usando el enlace mencionado abajo.
  • Cargue su archivo de molécula y espere a que se cargue.
  • Una vez hecho esto, haz clic en el botón ¡Abrelo ahora! para ver el archivo.

  Aspectos destacados:

  • Visor interactivo : Permite girar, desplazar, ampliar y enfocar la estructura 3D.
  • Opciones de apariencia de la molécula : Entramado de cristales, bola y palo, regaliz, Van der Waals, estructura metálica, fuerza, mallas y superposición de ejes de referencia.
  • Editar estructura : Simplemente dibuje moléculas de varios elementos con las configuraciones de enlace deseadas.
  • Instantánea : Grabe un vídeo de una maniobra personalizada de la estructura.

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