12 Mejores Programas Gratuitos Para Visualizar Archivos Xyz En Windows

Indice

He aquí una lista de Los mejores programas gratuitos de visualización de archivos XYZ para Windows. XYZ es un formato de archivo utilizado por varios programas de química para transportar datos y estructuras moleculares. Con la ayuda de este software gratuito, puede visualizar fácilmente un modelo molecular contenido en un archivo XYZ. Además, este software se puede utilizar para la visualización de datos moleculares de diferentes formatos como Protein Databank (PDB), MOL, MOL2, MDL Mol File Format, CIM, CIF File Format, MOPAC File Format, etc.

Hablando de la visualización de moléculas, podemos decir que &33

En cuanto a las funciones de visualización de moléculas, puede encontrar todas las funciones esenciales de visualización para observar correctamente el modelo molecular. Las herramientas más comunes que se pueden encontrar en todos los software son rotar, hacer zoom, girar, estilo de renderizado (Wireframe, Sticks, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc.), propiedades de visualización de la molécula, esquemas de color y modo de pantalla completa. En algunos programas, también dispones de herramientas avanzadas como auto-rotación, auto-optimización, vista separada, animación, etc. También puede ver información básica y estadísticas relacionadas con los átomos, enlaces, moléculas, etc.

Muchos de estos programas XY pueden ser utilizados en cualquier momento.

Muchos de estos visores de archivos XYZ incluyen software de modelado molecular. Por lo tanto, puede encontrar en ellos todas las herramientas estándar de construcción de moléculas, como añadir hidrógenos, eliminar hidrógenos, construir cadenas, dibujar a mano alzada, crear superficies, etc. Además, algunas herramientas de cálculo útiles para calcular la energía, la geometría optimizada, etc., también se pueden encontrar en algunos programas. En definitiva, se trata de programas de química que también puedes utilizar para ver archivos XYZ.

Mi software gratuito favorito de visualización de archivos XYZ para Windows:

Avogadro es un gran software de visualización molecular que se puede utilizar para ver archivos XYZ, así como otros archivos de datos moleculares. También es un software avanzado de modelado molecular con herramientas de calidad para la construcción de moléculas.

También me gustó IQmol que contiene un potente conjunto de herramientas de visualización y análisis de moléculas.

También te pueden gustar algunos de los mejores programas gratuitos Molecular Modeling Software , Chemical Reaction Simulators , y PDB Viewer Software para Windows.

Avogadro

Avogadro es un software gratuito de código abierto de visualización de archivos XYZ para Windows, Mac y Linux. Es un software rico en funciones que se utiliza para la visualización, construcción y edición molecular. En él, puede visualizar modelos moleculares presentes en otros formatos como MOL, MOL2, DMOL, PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, SDF, etc. Proporciona algunas herramientas de visualización realmente útiles que le ayudan a visualizar y analizar de cerca una estructura molecular. Veamos cuáles son las funciones de visualización de moléculas que ofrece este software.

Principales funciones de visualización de moléculas de Avogadro:

Le permite ver la estructura de la molécula en proyección ortográfica o en perspectiva.
Puede girar o ampliar fácilmente el modelo con el ratón.
En él, encontrará prácticas herramientas de autorrotación , autooptimización , vista separada , modo de pantalla completa , y alineación de moléculas .
También puede establecer un color de fondo diferente para visualizar un archivo molecular XYZ.
Le permite alternar los elementos de un modelo molecular a visualizar, como ejes, fuerza, anillo, cinta, wireframe simple, stick, superficies, dipolo, etc.
También incluye una herramienta de medición que puede utilizar para medir ángulos, distancias, etc.
La vista personalizada de un modelo molecular contenida en un archivo XYZ puede guardarse en formato PNG, BMP, JPG, SVG, EPS, etc.

Características adicionales:

Proporciona un menú dedicado Build donde puede encontrar todas las herramientas de creación de moléculas como Añadir Hidrógenos, Eliminar Hidrógenos, Insertar (Fragmento, ADN/ARN, SMILES y Péptido), Super Cell Builder, Nanotube Builder, Cambiar H a Metilo, Editor Cartesiano, etc.
Dispone de varias funciones adicionales que pueden ser útiles como Optimizar Geometría, Calcular Energía, Búsqueda de Conformadores, Sombreadores GLSL, Crear Superficies,
etc.

Conclusión:

Se trata de un avanzado software de modelado molecular que puede utilizarse para la visualización de diversos archivos moleculares, incluidos los XYZ.

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IQmol
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IQmol

IQmol es otro software gratuito de código abierto de visualización de archivos XYZ para Windows. Permite abrir un archivo XYZ y visualizar el modelo molecular guardado en él mediante varias herramientas específicas. Además de XYZ, admite otros formatos de archivos moleculares como entrada. Algunos de los formatos admitidos son PDB, MOL, CUBE y FCHK.

Este software también se utiliza para construir una estructura molecular, ya que contiene muchas herramientas de creación de moléculas. Algunas de las herramientas disponibles incluyen Insertar Moléculas por ID, Rellenar Valencias con Hidrógenos, Establecer Isótopos, Establecer Restricciones Geométricas, Minimizar Estructura, Seleccionar Campo de Fuerza, Simetrizar Molécula, Establecer Tolerancia de Simetría, etc. Se puede acceder a estas herramientas desde el menú Construir. Puede utilizar estas herramientas para editar XYZ u otro archivo molecular compatible.

Visualización de Moléculas Características de este Visor de Archivos XYZ:

Puede importar múltiples archivos XYZ en él y verlos todos juntos en el mismo espacio.
Le permite rotar o ampliar la estructura molecular con la ayuda de su ratón.
También le permite explorar diferentes aspectos de la estructura de la molécula XYZ como información genérica, átomo, longitud de enlace, geometrías, etc.
Además de las funciones mencionadas, dispone de otras opciones relacionadas con la visualización, como pantalla completa, mostrar ejes, configuración de la cámara (proyección, rotación automática, posiciones, etc.), apariencia (ambiente, difusa, intensidad de niebla, luces, intensidad de ruido, etc.), etiquetas de átomos (índice, longitud de enlace, etc.), etc. ), etiquetas de átomos (índice, elemento, masa, NMR, carga parcial, densidad de spin,), etc.
Puede guardar la vista molecular como archivo de imagen incluyendo PNG y BMP.

Características adicionales:

Algunas herramientas adicionales como Grabar Animación, Generar PovRay Input, etc.,
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Molekel

Molekel es un software dedicado a la visualización molecular que puede utilizar para ver archivos XYZ. Además de archivos XYZ, puede visualizar otros archivos moleculares como PDB, MOL, MOL2, TMOL, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, etc. Proporciona todas las herramientas de visualización estándar, así como algunas avanzadas, que le ayudarán a analizar una estructura molecular de cerca.
Características principales:
- Al importar un archivo XYZ en él, puede ver el modelo y las estadísticas relacionadas como átomos, enlaces, energía, residuos, multiplicidad de spin, carga, conformadores, masa molar, masa exacta, frecuencias de vibración, etc., En su interfaz principal
- Puede visualizar varios archivos XYZ al mismo tiempo.
- Le permite personalizar la vista del archivo XYZ configurando los ajustes de visualización de la molécula, el fondo, las propiedades de vista 3D, alternar varias opciones de vista (sonda plana, barra escalar MEP, cuadros delimitadores, ejes, etc.), etc.
- Utilizando el ratón, puede
  Con el ratón, puede girar, rotar o ampliar fácilmente la estructura molecular.
- Ofrece diferentes opciones de visualización interactiva, como Cámara, Elegir átomo/unión, Grabador de eventos, etc.
- Además, también se pueden encontrar algunos ajustes de generación de superficies y análisis de moléculas (Sonda Plana, Distancia, Ángulo, Espectro de Radiación, etc.).
Conclusión:
Es otro buen visualizador gratuito de archivos XYZ con un conjunto avanzado de herramientas de visualización de moléculas y una GUI fácil de usar.
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ArgusLab

ArgusLab es un software de modelado molecular que también actúa como visor de archivos XYZ. Dispone de algunas herramientas avanzadas relacionadas con la visualización molecular, así como con la construcción de moléculas. Puede visualizar y analizar archivos XYZ así como la estructura de moléculas transportadas en formatos como PDB, MOL, MOL2, etc.
Principales características de visualización molecular:
- Las herramientas básicas de visualización como rotar, zoom, girar, etc.,
- Se puede configurar el color, el estilo de representación (wireframe, cylinder, ball cylinder, CPK), el campo eléctrico, la iluminación, el trazado rápido de superficies, el monitor de geometría, etc.
- Se puede ver información básica sobre estructuras moleculares relacionada con átomos, residuos, grupos, etc.
- También permite personalizar la configuración de las etiquetas de los átomos.
- La imagen de la estructura molecular se puede guardar en varios formatos como PDF, TIFF, BMP, JPG y POV.
Características adicionales:
- Se puede utilizar en la edición de moléculas con la ayuda de opciones como añadir átomos, añadir hidrógenos, eliminar hidrógenos, crear y editar superficies, etc.
- Se pueden calcular distintos parámetros de la estructura de una molécula, como la energía, optimizar la geometría, Gaussian, espectros electrónicos ZINDO, etc.
Conclusión:
Es un buen software de modelado y visualización molecular con el que también se pueden ver y analizar moléculas guardadas en archivos XYZ.
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Jmol

Jmol es un software gratuito y portátil de visualización de archivos XYZ para Windows. Es un software basado en Java, así que asegúrese de tener Java instalado en su sistema antes de ejecutarlo. Además, como es un software portable, puedes utilizarlo directamente sin pasar por un proceso de instalación
complicado.
Principales funciones de visualización de moléculas de Jmol:
- Puede personalizar varios ajustes de visualización para ver la estructura molecular guardada en un archivo XYZ, como el tamaño de los átomos, el radio de enlace, mostrar medidas, mostrar etiquetas (número, símbolo, nombre, etc.), mostrar ejes, cuadro delimitador, profundidad de perspectiva, etc.
- Puede personalizar ajustes de visualización de superficies, como superficie de puntos, superficie de van der Waal, superficie de disolventes, etc.
- Permite cambiar la vista de la estructura molecular a superior, frontal, inferior, derecha, izquierda, etc.
- Puede rotar, girar o hacer zoom para analizar correctamente el archivo XYZ.
- Ofrece una opción para exportar la vista del archivo XYZ importado a una imagen JPG.
Características adicionales:
Aparte de las herramientas ya mencionadas, dispone de otras muy útiles, como Measurements, Animate, Surface Tool, Vibrate, AtomSetChooser, etc.
Conclusión:
El programa ofrece la opción de exportar la vista del archivo XYZ importado a una imagen JPG.
Conclusión:
Se trata de un visor de archivos XYZ fácil de usar con el que también podrás visualizar
también visualizar archivos moleculares como PDB, MOL, MOL2, XYZ, CML, ENT, etc.
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RasMol

RasMol es otro visualizador de archivos XYZ gratuito y de código abierto para Windows. Está especialmente diseñado para visualizar estructuras moleculares almacenadas en diferentes formatos de archivo, incluyendo Alchemy File Format, Protein Data Bank (PDB), Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format, etc. Proporciona todas las herramientas esenciales para ver la estructura molecular en consecuencia. Veamos sus principales características de visualización.
Principales características de visualización de moléculas de este visor de archivos XYZ de código abierto:
- Puede cambiar el estilo de visualización a Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, Cartoons o Molecular Surface.
- Puede personalizar el modo de color (monocromo, estructura, cadena, grupo, modelo, usuario, temperatura, etc.) para ver la estructura molecular.
  Conclusión:
  Es un visor de archivos XYZ decente con opciones básicas de visualización. También puedes ver otros archivos moleculares con este software.
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  Ascalaph Designer
  
  Ascalaph Designer es el siguiente visor de archivos XYZ gratuito de esta lista. Se utiliza para múltiples utilidades relacionadas con la construcción molecular, visualización de moléculas, análisis de estructuras moleculares, etc. En términos de visualización de archivos XYZ, usted obtiene todas las herramientas de visualización estándar y algunas adicionales. Además de XYZ, puede abrir y ver archivos PDB, MMOL, MOL2, ENT y otros archivos moleculares.
  Funciones de visualización molecular a tener en cuenta:
  - Se puede cambiar el estilo de representación a wireframe, CPK wireframe, ball & sticks, stick, CPK, etc.
  - Se puede hacer una rotación básica con el ratón para ver la estructura de la molécula desde diferentes lados y ángulos.
  - Al abrir un archivo XYZ en él, puede ver su información como condiciones de contorno, campo de fuerza, masa, número de átomos, enlaces y moléculas, etc.
  Características adicionales:
  - Dispone de muchas herramientas útiles de modelado molecular. Por ejemplo, construir cadenas, unir moléculas, dibujo libre, construir cristales, nanoestructuras, etc.
  - Le permite calcular la energía y la energía intermolecular junto con otros parámetros como el ángulo, la torsión, etc.
  Conclusión:
  Es un software de construcción molecular bien diseñado que también puede utilizar para ver estructuras moleculares de XYZ y otros archivos compatibles.
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  COSMOview
  
  COSMOview es otro visor de archivos XYZ gratuito para WIndows. No sólo XYZ, también puede ver otros archivos moleculares, como PDB, SDB, WRL, MOL2, etc. Proporciona todas las herramientas básicas que le ayudan a visualizar una estructura molecular. Veamos cuáles son sus principales herramientas de visualización de moléculas.
  Características principales:
  - Se puede rotar el modelo molecular usando el ratón.
  - También se pueden personalizar algunos ajustes de visualización.
    puede personalizarse según sus preferencias, como el color de fondo, el factor de escala de los átomos, la suavidad de la esfera, la visualización de los enlaces, la configuración de las etiquetas, etc.
  - Le permite guardar la vista de la estructura de la molécula como una imagen PNG.
  Conclusión:
  Es un visor de archivos XYZ sencillo y básico que puede utilizar para ver algunos otros archivos moleculares.
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  PubChem (Pc3D Molecule Viewer)
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  PubChem (Pc3D Molecule Viewer)
  
  PubChem ( Pc3D Molecule Viewer ) es otro buen visor de archivos XYZ para Windows y Mac. Se trata de un software dedicado a la visualización molecular en 3D para ver estructuras moleculares de formatos que incluyen archivos SD (SDF), archivos moleculares comprimidos (GZIP) y archivos de modelos moleculares (XYZ). Sólo dispone de algunas herramientas básicas de visualización que se mencionan a continuación.
  Características principales de PubChem:
  - Muestra un archivo XYZ en los modos de estructura Tile y Overlay.
  - Puede añadir moléculas de otro archivo XYZ o compatible al archivo actual.
  - Le permite analizar adecuadamente el modelo molecular utilizando opciones como rotar, ampliar, desplazarse, alinear, mostrar/ocultar elementos (información de la molécula, átomos, enlaces, símbolos, carbono, etc.) y mucho más. También se pueden personalizar algunas opciones generales y relacionadas con átomos y enlaces, como calidad de imagen, modelo de luz, mostrar información de moléculas, proyección ortogonal, escala de átomos, coloración de átomos, orden de los enlaces, coloración de enlaces, información de enlaces, etc.
  Conclusión:
  Se trata de un buen visor de archivos XYZ con herramientas de visualización molecular selectivas pero útiles.
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  VMD
  
  VMD es otro de los visores de archivos XYZ gratuitos para Windows, Mac y Linux. Puede utilizarlo para ver archivos moleculares de formatos diferentes a XYZ, como PDB, MOL, PLY, PQR, GRASP, Tinker, etc. Al igual que otros programas, puede encontrar en él todas las herramientas básicas de visualización. Proporciona ventanas separadas para navegar, ver y configurar los parámetros de visualización.
  Características principales de este visor de archivos XYZ:
  - Puede configurar fácilmente la representación, el color, los materiales y las propiedades de las etiquetas para personalizar la vista molecular.
  - Características como rotación automática, vista en perspectiva u ortogonal, indicador de FPS, cambio de fondo, estéreo, escenario, modo de renderizado, etc., también están presentes en él.
  - Para rotar, traducir, escalar, añadir etiquetas de átomo, enlace, ángulo o diedro, añadir o eliminar enlaces, etc., puede utilizar su menú Mouse o su propio ratón.
  - Le permite renderizar y guardar formatos de vista de estructuras moleculares como STL, Raster3D, POV-Ray, VRML, Wavefront, etc.
  Características adicionales:
  - Contiene un conjunto dedicado de herramientas de análisis que le ayudan a evaluar el modelo molecular como Analyze FEP Simulation, Heat Mapper, NAMD Plot, RMSD Calculator, Collective variable analysis, etc.
  - Algunas extensiones más relacionadas con el modelado, editor de datos, simulación, etc.,
  Conclusión:
  Esta puede ser otra alternativa a un visor de archivos XYZ si está buscando algunas herramientas avanzadas de visualización y análisis de moléculas.
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  Zeus PDB Viewer
  
  Zeus PDB Viewer , como su nombre indica, es un visor de archivos PDB gratuito que también permite visualizar archivos XYZ. Además de estos dos formatos
  puede visualizar modelos moleculares en formatos MOL y MOL2. Para ayudarle a visualizar la estructura molecular guardada en archivos XYZ, dispone de todas las herramientas estándar que se mencionan a continuación.
  Principales funciones de visualización molecular:
  - Ofrece diferentes pestañas para ver el modelo molecular 3D y los átomos, enlaces, estructura y detalles del archivo.
  - Puede alternar el estilo de visualización de la estructura molecular entre los proporcionados, incluyendo wireframe, ball & stick, balls & wire, triangular tubes, square tubes y space filling.
  - También proporciona una práctica herramienta de Auto-Rotate .
  - También puede configurar la calidad de renderizado a alta, muy, alta, baja, media, etc.
  - Permite guardar la imagen de la estructura molecular en formato BMP.
  Funciones adicionales:
  - Calcular enlaces H, enlazar átomos no enlazados, mostrar la secuencia del modelo, encontrar la secuencia y otras herramientas adicionales.
  - Ofrece una función " Download and Open " que le permite descargar un archivo del Banco de Datos de Proteínas utilizando el ID del PDB y la ubicación del servidor.
  Limitación:
  Durante mis pruebas, este software se bloqueó algunas veces.
  Conclusión:
  Es un software decente para ver XYZ y otros archivos de datos moleculares sin mucha molestia.
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  BALLView
  
  BALLView es otro software de visualización molecular que puede utilizar como visor de archivos XYZ. Aparte de XYZ, puede ver más archivos de datos moleculares en él incluyendo PDB, HIN, BRK, ENT, MOL, MOL2, SDF, y AC.
  Características principales:
  - Algunas preferencias de visualización de moléculas como colores, ajustes de cámara, plano de recorte, etiquetas, habilitar el modo rotar/recoger/mover, ajustes de material, etc., También puede seleccionar el modo de dibujo (wireframe, dots, solid, toon) y el modelo de visualización (stick, ball & stick, backbone, ribbon, forces, etc.) según su elección.
  - Puede guardar la estructura molecular con la vista personalizada en formatos que incluyen imagen PNG, escena POV-Ray y archivo de datos de prototipado 3D.
  Conclusión:
  En definitiva, es un software decente para ver archivos de estructura molecular, incluyendo XYZ.
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